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专家访谈
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lncRNA-卵巢癌的预后诊断biomarker研究
临床预后诊断对疾病的把控和治疗至关重要，传统的预后诊断由于技术限制和疾病的复杂性有待进一步的改善和提高。近年来高通量芯片和二代测序的飞速发展为我们研究疾病发生的内在机制提供了可靠手段。现已表明，人类基因组96%以上的非编码区域转录的产物，曾经认为是“垃圾RNA”的非编码RNA在生命发生发展中扮演着重要角色。同样，越来越多的证据表明在疾病状态下，非编码R...
EMT相关signatures筛选与功能分析
上皮细胞到间质细胞的转化（EMT）和肿瘤转移密切相关。近年来的研究表明lncRNA作为调控因子参与了复杂的生物学过程和疾病的发生发展。来自重庆中医药大学的研究人员利用lncRNA芯片筛选，找到了肿瘤细胞迁移相关转录因子Twist诱导的EMT过程相关lncRNA和mRNA，为我们更好的理解肿瘤转移过程中Twist通过影响lncRNA而诱导EMT的过程提供...
miRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
研究背景 雷特氏综合征（Rett syndrome）是一种严重影响儿童精神运动发育的神经发育性疾病。甲基化-CpG结合蛋白2（MeCP2）基因功能的缺失会导致该病的发生[1,2]。反之，MeCP2基因拷贝数的增多则会导致自闭症（Autism spectrum disorders）的产生[3]。因此，可以说MeCP2蛋白的剂量效应对中枢神经系统（Central ner...
lncRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
在过去几年中，高通量转录组测序（High-throughput transcriptome sequencing）最大的发现之一莫过于在哺乳动物基因组中发现了一些功能各不相同的RNA[1]。除去那些由于转录起始位点（Transcriptional start sites）的改变以及终止子（Ternination）和可变剪切（Splicing）的变化之外，另一些新的反向...
Circular RNAs功能机制研究
circRNA是一类具有调控基因表达潜能的非编码环状闭合RNA。随着NGS的发展及生物信息分析的进步，现在已经发现在动物细胞中，存在着成千上万的circRNAs。而对其功能的研究发现也表明，circRNA可以作为microRNA的海绵吸附体而影响下游靶基因的表达，是一种典型的ceRNA作用机制。另外， 由于circRNA与其相同来源的线性mRNA的序列...
ceRNA研究策略解析
ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-RNA的转录后调控。作为一种全新的基因转录后调控机制，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。当我们想进入这个最新的研究领域时，我们该怎么入手呢？来自宁波大学医学院的研究人员通过他们对胃癌中一个lncRNA-FER1L4的研究，为我们展示了ceRNA调控机制的研究策略。 &e...
JP摩根健康大会上，Illumina等5家基因检测公司秀什么？
JP摩根健康大会在美国旧金山召开 北美时间2016年1月11～15日，备受全球医药企业及投融资机构关注的第34届JP摩根健康大会(JP Morgan Health Conference)在旧金山举办，这是一场产业与资本融合的盛会，并将引领2016年乃至今后一段时期全球医药健康领域的发展与投资风向。如往年一般，各家公司都派出重量级阵营，公布上年...
miRNA芯片在各类样本中的应用
1.新鲜组织样本 新鲜组织一般包括以人类疾病诊断及治疗为目的，经患者或健康人同意后，从患者的机体中切取的未经特殊化学试剂处理的病变组织或相邻健康组织，或者健康人的相同部位的对照组织。这些人类疾病相关的新鲜组织样本的整理、保存、研究对于提高疾病的诊断质量、促进临床工作、探讨及研究疾病的发病机制具有重要的意义。此外，新鲜组织样本还...
环状RNA（Circular RNA）:noncoding RNAs的新明星分子
circRNA是一类以共价封闭环为特征，广泛存在于真核生物中的新型RNA分子。CircRNA来源于基因的外显子或者内含子区域，在哺乳动物细胞中大量存在。现有研究表明大部分的circRNA在不同物种间是保守的。同时，由于其环状结构能抵抗RNase R的降解而比较稳定。circRNA由于其表达的特异性和调控的复杂性，以及在疾病发生中的重要作用越来越受到大家的重视。就像mi...
ceRNA---新的基因表达调控模式
microRNA基因调控机制是大家熟悉的基因转录后调控模式。随着现代研究的不断深入，研究人员发现基因的转录后调控并不是简单的microRNA-mRNA的沉默机制，而是一个复杂的调控网络，而内源竞争性RNA(ceRNA)，拓宽了我们对基因调控的进一步理解。 ceRNA是一类通过竞争性结合microRNA来影响microRNA-R...
lncRNA可在癌症诊断与预后中作为生物标志物
癌症已经成为21世纪世界性的威胁人类健康与安全的头号杀手。2012年就有超过1200万人被确认为新的癌症患者，超过800万人因癌症而死亡[1]。为了增加对癌症发病机理的研究，癌症和肿瘤基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas, TCGA）通过高通量测序方案对遗传学，表观遗传学以及转录变化进行了大规模研究[2,3]。然而，尽管很多证据...
“富矿”的开发——浅谈miRNA的研究
什么是microRNA？ microRNA(microRNA)是一种小的内源性非编码RNA分子，大约由21-25个核苷酸组成。通过与靶基因的3’UTR配对，促进mRNA的降解或抑制mRNA的翻译，从而抑制靶基因的表达。 现在，miRBase（1）共收录223个物种的28645个microRNA前体...
Nature Methods：突破性单细胞表观基因组与转录组分析新技术
由英国及比利时的研究人员开发出的一种新方法，使得在单细胞中同时研究表观基因组及转录组成为可能。发布在《自然方法》（Nature Methods）上的实验方案，可帮助科学家们精确描绘出DNA甲基化改变与基因表达之间的关系。 近年来单细胞测序技术发展迅速，被广泛用于研究细胞间的基因表达谱（转录组）差异。近期的一些单细胞实验方案也使得...
PNAS：X染色体沉默“另有隐情”
地球上几乎每一名女性在她们几乎每一个细胞中都携带有两条染色体，但其中一条通常没什么用。这是因为它已被沉默，从而使其大部分的DNA被锁定和未读取，就像笼子里的一本书一样。 科学家们认为，他们已经弄清了细胞是如何做到这一点的，但是最近，美国密歇根大学医学院的一项新研究表明，答案并不完全清楚。相关研究结果发表在最近的《PNAS》杂志。...
近期Nature杂志亮点研究盘点
本文中小编盘点了Nature杂志及子刊近一个月以来的精彩研究，请随小编一起来学习。 【1】人类遗传学：让寒冷刺骨的突变基因 在一个欧洲家族中，找到了一个单一的基因突变，这个基因突变让人从年纪很小的时候，就会因为寒冷出现周围神经系统的疼痛加重。本周发表在《自然-通讯》上的一则研究确定了这种和温度相关的疼痛背后的分子机制——与细胞的离子通道被改变有关。...
Nature：中国高质量科研总体贡献世界第二
英国 Nature 杂志日前发布的《2015 中国自然指数》增刊显示，2012 年到 2014 年期间，按照加权分数式计量（WFC），中国高质量科研产出增长了 37%，对世界高质量科研的总体贡献居全球第二位，仅次于美国。 Nature 杂志执行主编尼克·坎贝尔博士表示：「中国已成为拥有高质量科研产出的强国。快速发展的经济推动中国...
血液检测世界大战爆发，Illumina旗下公司Grail获1亿美金融资
在年初的J.P. Morgan 健康医疗大会上，Illumina宣布了一个重大的消息：成立新公司Grail，并且A轮融资达到1亿美元。Grail是一个开发基于血液来诊断癌症的创业公司。这种肿瘤DNA测序的主要目的是在无症状的个体中诊断各种各样的癌症，从而能提前预防或治疗。 “Grail在癌症诊断市场具有先入者优势，”CEO杰·弗拉特利在星期天的会议中提到。他说Gr...
Cancer Cell：抗癌向着p53开炮
加州大学洛杉矶分校的科学家们开发出了一种有前景的新方法来治疗妇科恶性肿瘤。这种方法将焦点放在了p53蛋白上，在罹患最致命形式的生殖系统癌症——高分级浆液性卵巢癌(serous ovarian cancer)的妇女中p53常常突变。许多罹患此病的妇女确诊时癌症已发展至极晚期，因此难以治疗。 这一研究发现是加州大学洛杉矶分校Jonsson综合癌症中心成员David Eis...
华大基因估值三年涨四倍 业绩疲软借A股寻高估值？
日前，曾数度传出上市消息的华大基因，终于披露招股说明书申报稿，拟登陆创业板上市。 华大基因一度被各种光环笼罩，被称为“深圳三宝”之一（腾讯、华为、华大）、 “全球最大的基因组学研发机构”、“世界领先的遗传学研究中心”、基因领域的巨头，在资本市场更是有“独角兽”之称。招股书显示，在华大基因的股东名单中，有逾20家PE在列。 ...
Illumina成立新公司GRAIL 从事癌症筛查业务
近日，Illumina宣布成立了一个新公司GRAIL，从事通过简单血液测试进行癌症筛查的业务。以Illumina的测序技术为技术支持，GRAIL将通过直接测量血液中的循环核酸进行泛癌症筛查。 GRAIL已形成为一个单独的公司，Illumina拥有其多数股权。 GRAIL最初是由Illumina和ARCH Venture Pa...