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专家访谈
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【Cell Research】北大汤富酬团队：一种长读单细胞ATAC测序方法，同步检测染色质可及性和遗传变异
为了将长读测序的优势整合到scATAC-seq中，北京大学生命科学学院生物医学前沿创新中心汤富酬教授团队开发了一种基于纳米孔测序平台的转座酶可及性染色质单细胞测定方法（scNanoATAC-seq）——该方法是一种基于微板的scATAC-seq方法，可以与TGS测序平台相兼容。相关研究成果于10月11日发表于Cell Research杂志。 https://ww...
Advanced Science | 国家癌症中心王成锋团队揭示基因组结构变异与染色质三维结构重塑参与胰腺癌发生发展的机制
绝大多数的胰腺癌是起源于胰管上皮的胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC)，近年来虽然在基础研究和临床诊治领域取得了一些进展，但胰腺癌患者的总体生存始终没有明显改善，突显出全面多维度地认识PDAC发生发展的分子基础已经变得尤为紧迫和必要。经典PDAC发展模型认为特定的遗传基因突变，如KRAS、CDKN2A、TP53和SMAD4等能相继启动和...
表观遗传学研究利器——ATAC-seq技术，高效探索染色质开放区
1. ATAC-seq可以得到实验时点全基因组染色质开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时点下影响基因表达的的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在TF（Transcription Factor）。 2. 通过对比不同细胞或者相同细胞在不同阶段的组学数据，可以对比出基因表达调控的差异。 3. 通过CUT&Tag...
【Cell】利用单细胞测序技术分析近60万个人类细胞，任兵团队绘制超大规模人类基因组单细胞染色质可及性图谱!
近日，研究人员在《Cell》上发表了一篇题为“A single-cell atlas of chromatin accessibility in the human genome”的文章，加州大学圣地亚哥分校任兵（音译）博士等研究人员绘制了人类基因组的单细胞染色质图谱。 染色质最早是1879年Flemming提出的用以描述核中染色后强烈着色的物质。现在...
《Nature》子刊：颠覆性治疗手段！针对染色质治疗近可全灭癌细胞！
免疫治疗是精准治疗的前沿。我们针对癌症治疗的策略有很多，但是针对癌症治疗的药物受益并不乐观。如果针对癌细胞的表面抗原治疗有阻碍的话，我们能不能考虑换个方式去思考？就像一台电脑运转需要硬件和软件，如果把基因必做硬件的话，那么细胞内的染色质就是软件。癌细胞的运转就像电脑运转一样，需要同时启动硬件和软件。从这个思路出发：科学家将目光投向了癌细胞的软件：细胞质，并且在目前的实验阶段，已经表现出巨大的...
研究发现：染色质基因分析可识别癌症起源
美国杰克逊实验室(JAX)的研究人员开发出一种新方法，通过对开放染色质进行全基因组分析，来确定导致既定类型白血病的细胞类型。这一方法对白血病的诊疗具有重要作用。相关研究11日发表在《自然—通讯》杂志上。 每种癌症都始于一个单细胞的异变。知道了癌细胞的起源细胞，研究人员就可以分析出癌症的亚型，进而开发出新的诊疗手段，但现有方法很难从大量肿瘤细胞样本中识别出其起源细胞。 染色质...
精神分裂症的新发突变支持染色质重塑在精神性疾病中的作用
精神分裂症是一种严重且复杂的心理疾病，其致病机理尚未明确。最近的一项研究1，在一组精神分裂症病人中进行新发突变（de novo mutation）的扫描，并将结果与其他精神性疾病如孤独症、智力低下等的突变进行了比较，发现了这些疾病之间拥有相似的遗传学背景，可能通过影响 大脑的表观调控导致疾病发生。 此次研究的样本...
发现先天性畸形的胎儿母亲，具有染色质破碎的现象
由乌得勒支大学Wigard Kloosterman领导的研究人员分析了三个儿童的基因组，这三个儿童都从他们目前那里获得了破碎后重组的基因组，之后研究人员对儿童和母亲的基因组进行了比较。该成果近日发表在了《American Journal of Human Genetics》上，据报道，这些从不受影响的母亲处获得了不平衡的遗传重组的儿童，可能因为基因计量影响失衡，导致了...
染色质免疫沉淀测序技术获突破
北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊课题组与汤富酬课题组合作，发展了一种基于微流控芯片的微量细胞样品处理与核酸俘获方法，成功实现了针对1000个细胞的染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），大幅减少了这类实验中对样品起始量的要求，并利用这一方法研究了组蛋白H3第4位赖氨酸的3甲基化修饰（H3K4me3）在小鼠胚胎发育过程中的修饰模式，发现与小鼠胚胎干细胞相...
Cell：染色质重构调节子在核小体中的特异性和方向性
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Cell:测定活细胞内异染色质动力学的新方法
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