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【Science】超越阿尔法折叠:人工智能设计创造新的蛋白质

2022-12-29

在这些新研究中,华盛顿大学医学院的生物学家表示,利用机器学习,人们可以比以往更精准、更快速地创造蛋白质分子。研究者希望这一进展将能促进相关新疫苗、新治疗策略、碳捕获工具和可持续生物材料的研发。 该研究资深作者、华盛顿大学医学院生物化学教授David Baker表示:“蛋白质是生物学的基础。然而目前,我们在每种植物、动物和微生物中发现的所有蛋白质,远远未到其可能性...

【Cell】长达70年历史的蛋白质折叠理论遭遇挑战!

2022-12-27

到目前为止,科学家们认为TRiC和类似的细胞机器(又被称为伴侣蛋白)仅被动地提供了一个有利于折叠的环境,而它们本身并不直接参与蛋白质折叠。研究人员估计,我们细胞内有高达10%的蛋白质会从这些小腔室中得到实际的帮助,折叠成最终的活跃形状。 该研究的主要作者、斯坦福大学教授Judith Frydman表示,许多依靠TRiC微型细胞机器来进行折叠的蛋白质与人类疾病密切...

【CANCER RES】为什么T细胞无法攻击肿瘤了?新研究发现靶向关键蛋白质可改善免疫疗法

2022-12-27

近日,北卡罗来纳大学莱因伯格综合癌症中心免疫治疗组的 Jessica Thaxton博士团队在Cancer Research期刊上发表了一项题为“Stress-Mediated Attenuation of Translation Undermines T-cell Activity in Cancer”的研究,详细描述了T细胞的应激反应如何使它们无法阻断肿瘤生长。 Thaxton的研究小组...

【Science子刊】神奇的脂质代谢!芝加哥大学研究发现一种新的可降低患肝癌的风险的蛋白质

2022-12-27

近日,芝加哥大学研究人员发表在《Science Advances》杂志上的一项新研究“Lipid droplet turnover at the lysosome inhibits growth of hepatocellular carcinoma in a BNIP3-dependent manner”表明,在小鼠模型中,BNIP3 蛋白的缺失导致线粒体和脂滴的周转减少,从而导...

【Nature】诺奖技术新贡献!研究人员揭示了驱动肠癌发展的关键蛋白质结构

2022-12-27

近日,研究人员使用获得诺贝尔奖的显微镜技术,揭示了tankyrase蛋白如何通过自组装成3D链状结构来打开和关闭。该研究论文“Structural basis of tankyrase activation by polymerization”发表在《Nature》杂志上,通过对tankyrase蛋白的关键结构见解,表明了其在帮助驱动肠癌方面的重要作用。 https...

EAD电子活化解离技术及糖蛋白质组学研究进展

2022-12-26

糖基化是一种广泛存在的蛋白质翻译后修饰,糖蛋白质在许多重要的生物学过程中发挥重要的作用,包括细胞的信号传导、宿主与病原体的相互作用,以及免疫应答和疾病发生等。糖蛋白质组学(glycoproteomics)是通过大规模分离、富集和鉴定糖蛋白,来分析特定生物样本中聚糖和糖基化蛋白的完整组库。糖蛋白质组学已逐渐成熟,这要归功于仪器、实验方法和计算搜索算法的进步。[1] 电子活化解离(...

【CANCER RES】为什么T细胞无法攻击肿瘤了?新研究发现靶向关键蛋白质可改善免疫疗法

2022-12-20

近日,北卡罗来纳大学莱因伯格综合癌症中心免疫治疗组的 Jessica Thaxton博士团队在Cancer Research期刊上发表了一项题为“Stress-Mediated Attenuation of Translation Undermines T-cell Activity in Cancer”的研究,详细描述了T细胞的应激反应如何使它们无法阻断肿瘤生长。 Thaxton的研究小组...

Sander Piersma:从磷酸化蛋白质组学数据中推断激酶活性的工具及应用 | WeOmics-G13

2022-11-12

“Westlake Proteomics Series (WeOmics)” 系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室,西湖实验室iMarker实验室,The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办,并由西湖欧米承办,SCIEX协办。 本期研讨会主题:磷酸化蛋白质组学数据和激酶活性  ...

AlphaFold的新对手?快约60倍的Meta 可AI预测6亿种蛋白质的全新形状!

2022-11-02

该团队使用“大型语言模型”生成了预测工具——人工智能AI,这是可以从几个字母或单词预测文本的工具的基础。 通常,语言模型是在大量文本上进行训练的。为了将它们应用于蛋白质,Rives 和他的同事将它们输入已知蛋白质的序列,这些蛋白质可以由 20 种不同氨基酸组成的链表达,每一种都用一个字母表示。然后,该网络学会了“自动完成”蛋白质,其中一部分氨基酸被遮蔽。 蛋白质“自动...

【Research】上海交大肖华/曹成喜教授联合美国胡深教授关于肺癌口腔微生物组的宏蛋白质组学分析

2022-10-24

近日,上海交通大学生命科学技术学院肖华教授与合作者发表研究论文“In-Depth Metaproteomics Analysis of Oral Microbiome for Lung Cancer”在中国科协和美国科学促进会共同创办的综合性科技期刊《Research》。该研究创建了宏蛋白质组学研究新策略,从微生物功能的执行者——蛋白质的水平对微生物组开展了深入探究,实现了口腔微生物组的深度...

【Nature子刊】非编码RNA翻译成蛋白质?中山大学张弩等发现KRAS致癌信号的关键调控因子!

2022-10-19

2022年10月14日,中山大学第一附属医院张弩教授、徐建波博士,南京大学生命科学学院闫超教授以及苏州大学姚宏伟教授在Cell Research上联合发表了题为“A novel protein RASON encoded by a lncRNA controls oncogenic RAS signaling in KRAS mutant cancers”的研究论文。该研究表明,由长基因间非...

时隔近七十年!诺贝尔奖得主预言的蛋白质结构终获证实!

2022-09-26

最近,该团队终于解决了上述问题,并且证实了持续近70年的β-波纹结构猜想。这项研究发表于《Chemical Science》杂志。 https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/sc/d2sc02531k 理论遭质疑  01  蛋白质有各种各样的形状和大小,以在活细胞中发挥...

【CELL DISCOV】西湖大学郭天南等团队结合高通量蛋白质组学和人工智能评估甲状腺结节良恶

2022-09-09

9月6日,西湖大学郭天南和李子青团队联合新加坡国立癌症中心研究人员在Cell Discovery 发表了一篇题“Artificial intelligence defines protein-based classification of thyroid nodules”的研究论文。该团队开发了一种人工智能定义的蛋白质生物标志物组别用于诊断甲状腺结节分类。 研究背景 01 先...

【Science子刊】科学家确定了三种蛋白质:可在心脏病发作后维持心脏功能

2022-09-02

该研究发表于《Science Translational Medicine》上,它的阳性临床前数据概述了这三种蛋白质的机制,这些蛋白质已被证明可以在小鼠心脏病发作后恢复其心脏功能。 https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.abo0699 “搜索引擎”Funsel  01  ...