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专家访谈
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重磅升级丨博奥晶典MAPMI 2.0 宏基因组检测新增抗感染用药参考功能模块助力抗感染临床精准诊疗
博奥晶典自主开发的超广谱病原微生物 mNGS 检测服务MAPMI®（Metagenomic Analysis Pipeline for Microbial Identification）实现重磅升级。MAPMI® 2.0版本在全面覆盖细菌、真菌、病毒、寄生虫、耐药基因等32000余项检测指标的基础上，上线抗感染用药参考功能模块，在病原体的快速、准确和全面鉴定的同...
Oxford Nanopore发布用于DNA和RNA病毒快速宏基因组表征的全新方案
这一方案描述了一个简单的宏基因组工作流程，可用于鉴定DNA和RNA病毒。该方法已被应用于人类临床样本，以表征目前被称为猴痘病毒的病原体。 Oxford Nanopore发布了一个用于DNA和RNA病毒宏基因组表征的方案1。如PCR等鉴定病毒的标准方法依赖于寻找特定的病原体，而宏基因组方法对样本中的所有遗传物质进行测序，因此提供了以无偏见或“无假设”的...
《cell》：肠道微生物大规模宏基因组研究突破，助力治疗心血管疾病！
导语：肠道菌群是一个动态且高度多样化的微生物生态系统，会影响宿主生理的许多方面，虽然许多研究侧重于单个微生物分类群对机体健康的影响，但它们的整体代谢潜力尚未得到充分的探索。 近日，《Cell Reports》发表一篇文章中，用整合的宏基因组目录对小鼠的肠道微生物进行了全面地研究，通过互补方法重建大量MAG（超基因组组装基因组）以及将16S r...
病原宏基因组学推进感染精准医学|首届华南抗感染MDT高峰论坛专题报告
微远基因首席执行官李永军图1：微远基因首席执行官李永军做专题报告 据报道，2018年全国下呼吸道感染、脓毒血症和中枢神经系统感染患者达1200万以上，而培养、PCR等传统病原学诊断方法在敏感性、特异性、检测范围等方面与临床迫切需求之间存在巨大差距。李永军引用陈民钧教授在《医学参考报》微生物与感染频道的专家寄语，展望高通量测序技术的快速发展将会在感染性...
中国学者Nature发表突破性宏基因组研究 改写病毒学教科书
中国疾病控制中心与悉尼大学合作十一月二十四日在Nature杂志上发表了一项突破性的宏基因组研究。研究人员深入无脊椎动物的病毒世界，从中发现了1445种病毒，包括不少新病毒家族。 从这项研究来看，过去人们了解的只是病毒世界的皮毛。幸运的是，研究人员发现的病毒绝大多数不会引起人类疾病。悉尼团队的领导者Edward Holmes教授表示，虽然人类每天都被病毒包围着，但这些病毒...
900万A轮融资，微生物宏基因组检测开门红是否开始基因检测新革命
美西时间9月8日，专注于病原宏基因组检测的精准医疗公司IDbyDNA宣布以900万美元的成绩完成A轮融资。本轮融资由ARTIS风投领投，包括ARUP实验室与多个私人投资人参也参与了此次融资。根据IDbyDNA的有关公示，这笔资金将用于该公司基于基因筛查的宏基因组临床病原检测技术Taxonomer的进一步研发。 IDbyDNA致力于开发具有高精度与高运行效率的下一代测序微生物检测技术，寻求...
王俊新发Nature综述：宏基因组关联分析与微生物组
我们体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。近年来人们发现这些微生物对人体健康有着重要的影响，微生物组研究因此受到了极大的重视，甚至被称为是人体的“第二基因组”。 微生物组参与了许多重要的机体功能，比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。许多人类疾病都与微生物组失衡有关，但揭示其中的因果关系并不容易。因为微生物组是由数百种细菌组成的复杂生态系统，同种...
解开人类宏基因组奥秘的统计学突破
今天，在西雅图举行的2015年联合统计会议（JSM 2015）上，统计学家和生物群落研究专家Katherine Pollard指出，统计学领域取得的许多进展，正在帮助我们解开人类微生物组（生活在人体表面和人体内的大量微生物）的奥秘。 Gladstone研究所高级研究员、加州大学旧金山分校流行病学和生物统计学教授Pollard，在一次关于统计学...
解开人类宏基因组奥秘的统计学突破
今天，在西雅图举行的2015年联合统计会议（JSM 2015）上，统计学家和生物群落研究专家Katherine Pollard指出，统计学领域取得的许多进展，正在帮助我们解开人类微生物组（生活在人体表面和人体内的大量微生物）的奥秘。 Gladstone研究所高级研究员、加州大学旧金山分校流行病学和生物统计学教授Pollard，在...
告诉你宏基因组的真相
自从科学家们在2003年完成人类全基因组图谱以来，DNA测序领域已经涌现出大量新的方法和技术，来帮助我们寻求疾病进化的遗传线索，以及其他的生物学奥秘。 我们正在使用的机器变得更小、更快和更便宜。然而，DNA链分解和重组的过程，仍然存在误差。 当研究大多数细菌都共有的一个基因――16S rRNA基因时，获得一个准确的描述，是一个精...
华大基因宏基因组研究获颠覆性发现
婴儿的微生物组需要在成长过程中慢慢成熟。科学家们对98名一岁以内的瑞典婴儿进行了肠道菌群分析。他们发现，即使引入了固体食物，非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人。这项研究发表在五月十三日的Cell Host & Microbe杂志上。 “我们一直以为引入固体食物是改变婴儿肠道菌群的关键因素，但这项研究表明推动...
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本（北美和亚洲）中发现的一类新细菌Candidatus Kryptonia。这项研究共测序了22个...
GOTTCHA：性能卓越的宏基因组分析工具
随着测序技术的发展，宏基因组学逐渐成为了新的热门领域。宏基因组学主要是鉴定环境样本中的所有微生物，理解它们各自所起的作用。这类研究比一般的基因组分析更需要计算机技术的帮助，因为宏基因组学研究的是不同基因组的混合物。 美国Los Alamos国家实验室的科学家们在本周的Nucleic Acids Research...