【疑惑】精准医疗到底靠不靠谱？两大牛公司癌症突变检测一致性仅为22%

  今天，一篇报道于JAMA Oncology的研究引起了业内人士的广泛关注。美国华盛顿大学Tony Blau课题组研究发现业内著名癌症检测公司Foundation Medicine旗下 FoundationOne与第一家液体活检公司Guardant Health旗下Guardant360对同一批9位癌症患者临床检测结果的一致性只有22%。研究人员认为两家公司检测结果的大相径庭可能是因为肿瘤异质性与两家公司在检测报告中选用了不同的突变类型作为参考。
  “我们的研究证实了临床肿瘤的基因检测结果更大程度上取决于你所选用的具体检测技术。” Blau和他的同事们在论文中指出。
  虽然两家公司对相同一批病人进行了测序，但是他们的具体操作流程还是存在差别的。FoundationOne对315个癌症相关基因的外显子与28个来自组织样品重排基因的内含子进行了测序。同时，Guardant360则从9位病人的ctDNA中分离并检测了70个基因。研究人员指出两公司测试的特异性都大于99％，但敏感性略低。
  Blau和他的同事总共招募了9名同时在两个平台上完成测试的癌症患者。其中5例乳腺癌患者，其他人所患癌症则包括胰腺癌，胸腺癌，肺癌和唾液腺癌。
  两个测试都没有发现患有胸腺癌患者的任何遗传改变。虽然两测试共发现了这些癌症患者所携带的45个其他癌症相关突变，但其中尽有10个突变被两家公司的技术同时检测到，仅占总检出突变的22％。更悲观的是，这批病人中的2人竟没有一个被两家公司同时检测出来的突变位点。
  除此之外，两家公司的癌症测序服务还向病人推荐了基于他们检测结果的最适药物，不同公司多推荐的药物治疗方案仍然存在着许多区别。
  Blau及其同事提供了他们在测试之间观察到检测不一致现象的诸多潜在原因。 FoundationOne测试检查了比Guardant360检测了更多的可能突变，但FoundationOne却没有检测到独特的癌症相关突变。
  同时，研究人员表示造成检测结果差异的另一个可能原因可能是患者被测时间的差异，这些患者中的7人在10周的时间内接受了这两个测试。
  Foundation Medicine 医学总监Vince Miller 曾就肿瘤异质性提出了质疑，认为肿瘤异质性对检测引起的影响并没有人们认识中的那么强烈。同一肿瘤中不同采样点细胞基因组中的变异大多一致。绝大多数情况下，关键的癌症相关突变都能够被液体活检所捕获。Vince Miller 认为癌症液体活检产生临床检测结果差异性的原因可能是因为肿瘤细胞和ctDNA以不恒定的速率脱离于肿瘤组织并被液体活检所捕获。
  相反的，Guardant Health高级医学主任和实验室主任Justin Odegaard则认为液体活检捕获的低频突变体现了实体肿瘤或转移肿瘤的异质性。
  来源：Comparison of 2 Commercially Available Next-Generation Sequencing Platforms in Oncology

JAMA Oncol. Published online December 15, 2016. doi:10.1001/jamaoncol.2016.4983
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