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腾讯登录全基因组测序：公共健康管理的新工具
| 导读 | 德州大学最新研究表明全基因组测序可以帮助疾控人员尽快找到疫情源头并有效控制疫情。 |
最近，美国德克萨斯大学的研究人员开发了一种新的NGS病原追踪技术。研究人员希望该技术可以对大规模传染病的爆发起到有效的预防与控制作用。该研究的对应论文名为：Whole Genome Sequencing for Genomics-Guided Investigations of Escherichia coli O157: H7 Outbreaks，发表于最新的Frontiers in Microbiology。
“及时反应对于控制致病大肠杆菌的爆发至关重要，”文章的第一作者，德州大学生物系助教Mark Eppinger博士表示。在德州大学任职的同时，Eppinger也任职于美国南德州暴发性传染病控制中心。“通常情况下，在一场传染病爆发的伊始人们很难知道疾病爆发的源头。”Eppinger说。通过对一种全基因组测序技术的改进，Eppinger博士可以基于病原微生物的特点与特质对不同微生物进行辨析，进而对疫情病原微生物进行精确分类。他形象生动地将这一过程比作观察一个停车场中完全相同的蓝色汽车。所有的蓝色汽车看起来都没有什么区别，但是Eppinger博士和他的同事们却能找到这些汽车之间微小的差异，比如一块凹陷、几撇划痕或是破碎的尾灯。
“微生物间的细节不在于大小，而在于是否有合适的技术能够对其进行有效辨别，”Eppinger博士强调，“我们可以利用微生物在细节上的差异来对疫情进行追踪， 当一次疫情病源的有关性状和基因检测结果与以往疫情相同时，疾控人员就能有效确定本次疫情的爆发源头。”
寻找不同疫情间的相同点可以使疫情病原的追踪精确到具体的国家或地区，甚至是某一个单一的位置。越快地找到疫情爆发的源头，疾控人员就能越快地控制疾病的传播。Eppinger团队通过全基因组测序追踪疫病病原的策略也可以用于致命病原的识别。近期的调查中，Eppinger团队就通过他们的病原追踪策略找到了冷冻披萨中的致病性大肠杆菌。
“某些疫情的严重程度远远高于一般水平，”Eppinger博士说，“在2006年的一次传染病疫情中，病原通过菠菜传播，这次疫情中有半数的感染者都病到了住院的程度，大部分感染者则发生了永久性肾损伤。”
基于二代测序的全基因组测序病原分析技术可以帮助研究人员精确测量每种病原的毒素水平，进一步帮助研究人员确定病原可能导致的疾病以及疫情的严重程度。除此之外，研究人员可以通过全基因组测序对不同细菌病原中的噬菌体水平进行分析于辨别，进而对疫情可控性进行有效评估。通常情况下，对病原核心基因组的检测往往不能够显示出噬菌体对疾病疫情的影响。
“在疫情调查方面，你可以询问一个人在哪里吃饭、在哪里工作以及最近在哪里旅行，”Eppinger博士说，“如果我们找到了疫情中病原菌的具体种类，我们就可以通过与以往疫情的对比准确地找到这次疫情爆发源头的具体位置，通过对不同微生物间细节的研究找到疾病爆发的源头并控制疫情。”
“虽然我们迫切地希望基于NGS的病原分型技术可以应用于公共健康管理与传染病预防，但是我们仍然坚持在技术水平尚未纯熟的情况下疾控人员应该将基于NGS的病原分型技术作为常规描述流行病学调查与环境调查的辅助手段，而不是完全将其替代。”Eppinger博士说。
（转化医学网360zhyx.com）
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