构建虚拟细胞需要哪些数据?看寻因一胞多维数据的版本答案
| 导读 | 寻因生物与无尽方舟正式达成战略合作 |
寻因生物与无尽方舟正式达成战略合作。双方将深度融合寻因生物的全单细胞创新数据能力与无尽方舟的 AI 虚拟细胞平台,共建 AI 虚拟细胞驱动的跨物种长寿靶点发现平台——以甲基化数据建模为核心锚点,共同探索跨物种长寿靶点的发现路径。
本次合作中,寻因生物将依托SeekOne® DD数字液滴单细胞捕获系统,为无尽方舟提供覆盖表观组、转录组、蛋白组、空间组的高质量单细胞数据;无尽方舟则发挥其在 AI 虚拟细胞建模与跨物种靶点预测方面的优势,构建基于表观遗传特征的衰老靶点筛选模型。双方首期将围绕升级版 3' 转录组 + 甲基化联合检测展开深度合作,并逐步拓展至 FFPE 转录组、5' 转录组 + CRISPR 扰动、全序列 + 组蛋白修饰/核转录因子结合区等更多技术方向,以"干湿结合"的方式,打通从基础数据到药物靶点的全链路,加速 AI 虚拟细胞在长寿药物研发中的落地应用。
01
数据底座:甲基化创新数据基座,
3'新升级试剂加持
AI 虚拟细胞对训练数据的要求,早已越过"量"的阶段:细胞状态的多样性、表达背后的调控因果,才是决定模型能走多远的关键。虚拟细胞需要什么样的数据?2025年4月《Nature》的一篇Perspective给出了方向:下一代模型必须能同时整合基因组、转录组、表观组、蛋白质组和空间组数据,并在同一个细胞内建立这些模态之间的关联。文章特别指出,当前最大的瓶颈不是数据量,而是"配对的多模态数据"极度稀缺——当甲基化、RNA、蛋白质等信息来自不同细胞,AI只能学到相关性,无法建立调控与表达的因果链条。
这意味着,虚拟细胞的"版本答案",取决于谁能在一个细胞内同时完成多组学共检。
本次合作中,寻因生物将依托SeekOne®DD数字液滴单细胞捕获系统,为无尽方舟提供覆盖表观组、转录组、蛋白组、空间组的高质量单细胞数据。值得一提的是,本次合作的数据体系有两大支撑:以寻因即将上市的 SeekOne®升级版 3' 试剂体系为全程数据基座,以2026年 1 月刚于伦敦 FOG 大会上市的 SeekOne® DD 一胞多组甲基化技术为核心创新——基座更稳,创新更尖,让每一层数据都更完整、更优。
一胞多组甲基化 + RNA+VDJ:DNA 甲基化是表观遗传调控的核心机制,随年龄呈现系统性变化,被称为"分子时钟";它处在基因调控上游,决定基因能否被读取、何时被读取、以何种强度被读取,且在不同物种间高度保守,是跨物种衰老研究中极具潜力的对齐维度,寻因一胞多组学方案,让同一个细胞的甲基化与 RNA 被同时读取,建立起"调控 → 表达"的完整因果链条;
3'新升级试剂层:全新升级的 3' 端试剂体系,让转录组数据的基因检出与稳定性再上一步——而这对AI虚拟细胞建模尤为关键:单细胞层面更高的灵敏度与基因检出数,意味着更完整的转录组信息输入,是虚拟细胞精准还原衰老调控网络、实现可靠靶点预测的数据底座;表达层的每一分提升,都会直接传导为模型训练数据的质量提升。
02
All in SeekOne® DD:
一个细胞内的多重信息
支撑这套数据底座的,是寻因 SeekOne® DD 数字液滴平台一整套技术矩阵——单细胞、高通量、一个细胞内的多重信息共检。
矩阵中面向高维数据需求的三条一胞多组学共检管线:
一胞多组甲基化 + RNA+VDJ共检:
同一细胞内同时读取 5mC/5hmC 甲基化信息与 5'转录组,上万细胞高通量、单碱基分辨率、覆盖率高达 93%、转化率高达 99%;
一胞多组ATAC + RNA 共检:
染色质可及性与全长转录组一胞双组信息完全匹配,表观与表达,因果连贯;
一胞多组空间 + RNA 共检:
保留细胞空间原位信息,"真"单细胞分辨率,median gene 平均 1000+,一步开启单细胞亚群分析。
矩阵之上,能力还在延展:全序列测序覆盖 noncoding、可变剪接、突变与融合信号;CUT&Tag+RNA测序确定组蛋白修饰或者核转录组因子结合与表型相关性;CRISPR 测序单次可实现上万 guide RNA 的高通量基因扰动研究;免疫组 TCR/BCR、表面蛋白、靶向扩增、胞内菌,再到 FFPE 珍贵样本的转录组挖掘——从调控到表达,从空间到扰动,一个细胞的多重信息,在同一个平台上被同时读取。
03
持续深入,共同探索
单细胞技术的研究逻辑正在层层深入:转录组回答"是什么",空间组回答"在哪里",甲基化回答"为什么"。当高质量、高维度的单细胞数据遇见人工智能,那些曾被认为过于复杂而无法建模的生命系统——比如衰老——开始变得可读取、可预测、可干预。
另外值得一提的是:本次合作中支撑表达层数据的 3' 全新升级试剂体系,即将正式上市。它在高要求 AI 数据生产场景中的表现,值得单独讲一次——8 月,敬请期待。
关于寻因生物
寻因生物坚持研发一胞多组技术矩阵,致力成为每一位科研工作者创新发现的善器良台。以"单细胞表观·空间一胞多组技术驱动创新,解码生命未知"为愿景,致力开启单细胞甲基化表观组学新时代。公司围绕"All in One"技术理念,构建五大技术体系——中心法则全覆盖、一胞多模态共检、通用捕获胶珠、持续进化平台、全链条管线,形成覆盖DNA·RNA·蛋白全层级、一胞多组全维度、空间全场景的创新数据能力矩阵,并以多组、多维、单维三层技术矩阵与十余款"保险技术",为每一份RNA数据上保险,让创新研究既敢想、也好做。
寻因生物的技术积累与市场验证同样扎实:拥有SeekOne® DD数字液滴单细胞捕获系统等自主知识产权产品,累计申请专利130余项、软著20余项;支撑客户发表文章300余篇、累计影响因子超3000;服务海内外1000余家科研机构与生物医药企业,获评国家级专精特新"小巨人"企业,牵头及参与十四五等多项国家重点研发计划。
关于无尽方舟
无尽方舟是AI长寿药物研发领域备受瞩目的新锐力量。公司以基于单细胞数据信息增强、图神经网络GRN构建、基因分层架构等核心技术,覆盖线虫、小鼠(CRISPR KO/Activation老年鼠)、食蟹猴的模型迭代和靶点验证平台,构建面向生命科学的可验证的Longevity Foundation Model(长寿基础模型),并自研跨物种迁移学习模型通过对齐人、犬、猫、鼠的多组学数据,以域自适应神经网络筛除物种差异过大的信号,精准保留跨物种保守、与衰老显著相关、且更具成药潜力的候选靶点,在业内率先打通人药与宠物药一体化的研发路径。
无尽方舟的团队与资本背书同样亮眼:创始人赵思邈为牛津大学AI医药方向博士,深耕衰老研究领域;CTO曾京昆师从诺贝尔奖得主Jennifer Doudna,一作发表里程碑级研究成果于《Cell》、《Nature》;核心团队汇聚牛津、麻省理工、伯克利、剑桥等世界顶尖院校博士人才。公司成立不久即连续完成种子轮与种子+轮融资,累计超亿元,获得Monolith砺思资本、博裕资本、九合创投等知名机构的持续加注。
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