Onco NGS 联盟
OncNGS 是一个强大的联合体，由来自 5 个成员国的 8 家机构组成。OncNGS 联盟希望开发出经济实惠的新型解决方案，为所有实体瘤/淋巴瘤患者提供最好的 NGS 检测。
OncNGS 从湿实验开始，并对生成的序列进行生物信息分析，识别不同类型的变异，然后将所有相关变异整合到报告中，供临床医生解释和诊断时使用。
该联盟组织的一项由欧盟资助的多阶段招标，旨在支持开发用于液体活检测试的基于 NGS 的创新检测方法。Avida Onco LB 系列的 panel 即为根据组成联盟的 8 个机构的报告的需求进行策划。由安捷伦负责 OncNGS 招标期间开发的产品的商业化。
安捷伦 Avida DNA Onco LB、Avida DNA Onco LB Plus 和 Avida DNA 淋巴瘤 Panel 的开发是 OncNGS 项目的一部分，该项目获得了欧盟地平线 2020 研究与创新计划的资助。
Onco LB 新系列
Onco LB 系列 panel 属于安捷伦目录化 DNA Panel，订购方式与其他目录产品相同。同样也可以与现有的 Avida 文库制备试剂适配，并可在 Avida Duo 工作流程中与 Avida 甲基化 Panel（无论是目录 Panel 还是定制 Panel）结合使用。
Avida DNA Onco LB panel
- 基因数目：164 基因
- 靶标大小：875 Kb
- panel 大小：1.17 Mb
- 主要用途：从液体活检样本中检测 SNV、CNV 和 TL（易位）
该目录 panel 涵盖 164 个与多种癌症相关的基因，包括外显子区域以及 26 个与染色体易位相关的靶点，该 panel 是根据欧洲 NGS 联盟项目的要求进行筛选整理的，属于中等 panel，旨在为液体活检样本提供更高的检测灵敏度。
Avida DNA Onco LB Plus panel
- 基因数目：437 基因
- 靶标大小：1.76 Mb
- panel 大小：2.48 Mb
- 主要用途：从液体活检样本中检测 SNV、CNV 和 TL（ TMB 和 MSI 功能将在 oncNGS 招标的第三阶段进行评估）
该目录 panel 涵盖了 437 个与癌症相关的基因，以及 34 个与染色体易位相关的靶点，该 panel 是根据欧洲 NGS 联盟项目的要求进行筛选整理的，涵盖 OncNGS 联盟的 “must have ”和 “nice to have ”的靶标，它扩展了 Avida DNA Onco LB panel，新增了 273 个与癌症相关的基因，变异检测能力更全面。
Avida DNA Lymphoma panel
- 基因数目：86 基因
- 靶标大小：379 Kb
- panel 大小：451 Mb
- 主要用途：从液体活检样本中检测 SNV、CNV 和 TL
该目录 panel 涵盖了 86 个与淋巴系统癌症相关的基因，该 panel 是根据欧洲 NGS 联盟项目的要求进行筛选整理的，大小适中，平衡了基因数目和测序深度的要求，以便高效的对淋巴瘤样本进行测序。
关键性能数据
1 根据不同的 DNA 输入量对 Avida Onco LB DNA Panel 进行全面的性能评估
从上图可以看出，在 3 ng，10 ng 和 25 ng 不同的 DNA 输入量中，（A）on-target reads 和（B） mapped reads 的百分比都很高，这证明了检测的特异性和测序的准确性。（C）投入 DNA 的有效回收率，以平均每个靶标（从两条 DNA 链）回收的 unique molecules 的数量（预期值的 25-50%）来衡量，用重复中位数来描述。（D）Robust coverage 性能由实现至少 500X unique reads 的碱基比例来表示。
cfDNA 样品（Biochain p/n Z2121001）使用 Avida DNA Onco LB 和 Avida DNA 淋巴瘤 Panel 进行检测，投入量分别为 3 ng（n=4）、10 ng（n=4）和 25 ng（n=3）。Avida DNA Onco LB Plus panel 仅在投入 3 ng 和 10 ng 的 DNA 时进行了测试。测序在 Element AVITI 测序仪上进行。
2 Avida Onco LB 和 Onco LB Plus Panel 一致检测到所有 CNV 的拷贝数增加
上图展示了使用 Avida Onco LB 和 Onco LB Plus panel 检测 Seraseq ctDNA Mutation Mix v4 中 CNV 的基因水平时，不同 DNA 投入量（3、10、25 ng）下的平均观察到的 Fold change（FC），以及在（A）0.5% 等位基因频率（AF）（2.68 CN）和（B）0.25% 等位基因频率（AF）（2.34 CN）时的 expected fold change。
水平实线对应所有 9 个 CNV 的平均预期 FC，测序在 Illumina NovaSeq 6000 测序仪上进行。
3 Avida Onco LB panel 在检测多重变异方面具有一致的性能
上如所示，在 71 个基因的 93 个独特的多重变异中，这三个 panel 显示了预期 AFs 与观察 AFs 之间的良好相关性，这些变异包括 43 个单核苷酸变异、19 个缺失、5 个 insertion 和 4 个 indel。在所有 panel 中，观察到的 AF 与预期 AF 成比例增加，这表明变异检测是可靠的。
Avida DNA Onco LB 是中型检测 panel，针对泛癌症相关基因，具有广泛的变异检测范围。Avida DNA Onco LB Plus panel 是一个更大的版本，包括更多基因，可提供更全面的检测。 Avida DNA 淋巴瘤 panel 是一个以淋巴系统肿瘤为重点的 panel，针对淋巴系统癌症相关基因，具有明显的 AF 聚类。测序在 Illumina NovaSeq 6000 测序仪上进行。
Avida 新篇章：创新的方法学+ 强大的产品力
作为一个创新型的靶标富集解决方案，Avida 以其独特的探针体系和创新的杂交化学体系、捕获工作流程，可实现在同一靶向序列捕获工作流程中实现 DNA 和甲基化的分析；具有样本起始量低、周转快、保真度高等特点，Avida 高性能工作流程提供了多组学的分析能力，适用于肿瘤基础研究、肿瘤早筛、MRD 等领域的科研与产品开发需求。
截至目前，Avida 体系下总共可提供六款目录化的 DNA panel、一款 Methyl panel，以及定制化 panel，下图展示了目录 DNA panel 的基因数量。
点击“阅读原文”，可获取更多性能表现数据、panel 基因列表，2025 年 AACR Poster、生信分析指南等产品资料。
长按识别二维码， 关注安捷伦诊断与基因组学
新浪登录
腾讯登录
还没有人评论，赶快抢个沙发