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专访桐树生物张素芬:创新型NGS文库制备试剂盒是如何问世的?

首页 » 《转》访 2018-07-19 转化医学网 赞(4)
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导读
近日,桐树生物自主研发生产的基于MULI-SEQ技术的工业级产品“目标序列测序文库制备通用试剂盒(半导体测序法)”顺利获得食品药品监督管理局颁发的医疗器械产品证书。转化医学网专访了桐树生物研发负责人张素芬,请她来谈一谈这款试剂盒的获批之道。 NGS测序在全球测序市场上占有着绝对的优势位置,与Sanger测序相比,具有通量高,单碱


近日,桐树生物自主研发生产的基于MULI-SEQ技术的工业级产品“目标序列测序文库制备通用试剂盒(半导体测序法)”顺利获得食品药品监督管理局颁发的医疗器械产品证书。转化医学网专访了桐树生物研发负责人张素芬,请她来谈一谈这款试剂盒的获批之道。

NGS测序在全球测序市场上占有着绝对的优势位置,与Sanger测序相比,具有通量高,单碱基成本低的优势,被研究者沿用至今。而新一代测序(NGS)文库制备是一体化测序流程中的一个关键因素。文库制备可支持各种通量需求,从适合于小型实验室的低通量产品,到适合于大型实验室或基因组中心的完全自动化文库制备工作站。

近年来,靶向测序、全外显子测序、全基因组测序等是NGS领域的主要检测内容,其中靶向测序占有的市场份额最大,增长率最高。因此,解决靶向测序的技术难点,能够促进整个行业的快速发展。该款试剂盒恰恰能够解决行业痛点。

文库目标区域覆盖率95%以上

据悉,这款试剂盒主要是用来进行NGS测序前目标区域片段的文库构建,与Ion torrent平台测序仪器联合使用,能够完成目标片段文库的测序。该技术可以对不同数量的引物进行建库,科研人员可以根据自己的需求,选择任意大小的目标区域进行富集,建库和测序。其独有的序列捕获反应液能够保证不同数量的引物对之间的富集同步进行,并且保证特异性富集的效率。高效的消化酶,不仅保证建库过程中的所有DNA片段上面的引物能够被切除,同时为后续的连接反应做好准备,促进连接过程的连接效率;连接过程中使用具有强促进作用的连接促进剂,保证接头的较高连接效率;高保真反应液,减少文库的富集偏差,有利于测序的顺利进行。张素芬在采访中介绍道:“文库的目标区域覆盖率和文库的均一性可以达到95%以上,即使在投入量极低的情况下,也能够保证目标片段构建文库的质量。”

目前,基于AMPLICON扩增子或者探针捕获法的建库试剂盒,其DNA投入量通常要求至少高于20ng。但由于FFPE抽提获得的DNA质量较差,导致文库的构建成功率不高。该款试剂盒主要应用在Ion torrent 测序平台上,适用于所有的FFPE样本。当FFPE的样本量大于1ng就可以进行扩增子建库。其应用范围比较广泛,不仅可以应用于肿瘤,遗传病等突变、插入、缺失、拷贝数变异等形式的变异分析,也适用于穿刺、胸水等珍贵样本的建库和测序,在保证建库和测序质量的同时,大大节省样本的消耗。适用于宽范围的临床样本使用,能够最大程度地为临床检测提供帮助。桐树生物具有完善的研发团队,研发平台涵盖了qPCR、NGS、Sanger测序等不同领域的多种产品。这款试剂盒的获批,肯定了研发人员的研发水平和研发思路,同时,也体现了桐树生物在二代测序领域的先进水平。

桐树生物研发的这款试剂盒突破了常规建库试剂盒所需DNA的极量,能够满足所有致力于进行靶向研究的科研人员研究需要。解决了珍贵样本量少,样本DNA质量较差等问题,使高通量测序能够即时进行,为NGS科研事业的稳定发展提供保障。

定位肿瘤精准医疗

上海桐树生物科技有限公司专注于肿瘤精准医疗领域,致力于为肿瘤患者提供最实用、最可靠的个体化治疗临床检测服务。公司总部位于上海宝山科技创新园,在常州、广州等地设立有分公司和医学临检中心。上海桐树生物科技拥有高通量测序(NGS)、实时荧光定量PCR、免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)等500多项分子病理检测项目,全面满足临床不同需求,检测项目网络现已覆盖全国五大区域200多家核心医院。

(转化医学网360zhyx.com)

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