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JAMA子刊:同一患者的样品,不同的NGS检测结果

首页 » 研究 » 组学 2016-12-21 生物通 赞(2)
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导读
近年来,人们开始利用新一代测序来鉴定癌症相关的改变,从而指导癌症治疗和预后。然而,美国华盛顿大学的研究人员利用两家测序公司的产品来分析同一患者的样品,发现结果竟然大相径庭。上周,他们于《JAMA Oncology》在线发表了这一初步研究结果。


近年来,人们开始利用新一代测序来鉴定癌症相关的改变,从而指导癌症治疗和预后。然而,美国华盛顿大学的研究人员利用两家测序公司的产品来分析同一患者的样品,发现结果竟然大相径庭。上周,他们于《JAMA Oncology》在线发表了这一初步研究结果。

华盛顿大学Tony Blau领导的团队利用Foundation Medicine的FoundationOne检测和Guardant Health的Guardant360检测来分析9名癌症患者的样品。不过,他们发现,只有22%的改变被两家公司所报告。尽管研究人员指出一种检测覆盖更广泛的改变,但他们怀疑这种不一致来源于肿瘤异质性和报告上的差异。
尽管FoundationOne和 Guardant360检测都适用于临床癌症样品的测序,但它们有所不同。

FoundationOne检测测序315个癌症相关基因的外显子以及28个重排相关基因的内含子,而Guardant360检测测序循环游离DNA中的70个基因。研究人员指出,这两种检测的特异性高于99%,但敏感性略低。

Blau及其同事招募了9名患者来参与他们的研究,其中5名是乳腺癌患者,另外几名则分别患有胰腺癌、胸腺癌、肺癌和唾液腺癌。对于胸腺癌患者,这两种检测都没有发现任何遗传改变。他们在其他患者中总共发现了45个突变,但只有10个(22%)是两个平台都发现的。对于其中两名患者,两种检测发现的突变没有任何重叠。

这些检测还根据患者的结果推荐可能让患者受益的药物。总的来说,两种检测推荐了36种药物,但是不同平台为同一患者只推荐了9种药物,而5名患者的推荐药物没有重叠。当研究人员将分析限制在报告相同突变的患者时,推荐药物的一致性增加到62%。

于是,Blau及其同事开始追踪这些不一致背后的潜在原因。与Guardant360检测相比,FoundationOne检测覆盖更广泛的突变,但研究人员指出,他们并没有包括那些只被FoundationOne检测捕获的变异。这样看来,不一致可能归因于肿瘤异质性以及公司返回变异的差异。

在这篇文章中,研究人员指出Guardant360检测通常返回低频率的变异。当研究人员将他们的分析限制在高于1%频率的变异时,检测之间的一些不一致消失了。

Foundation Medicine的首席医疗官Vince Miller认为,肿瘤并没有想象的那么异质。他表示,同一肿瘤不同部位的样品通常是高度一致的,而单次活检可捕获关键改变。他认为不一致的部分原因在于肿瘤细胞脱落的速率不固定,故液体活检无法捕获。

相反,Guardant Health的高级医学总监Justin Odegaard则认为,液体活检所捕获的低频率变异代表了实体瘤或转移瘤中的异质性。他认为,这项研究表明,这两种方法可能是互补的。(转化医学网360zhyx.com)
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