液体活检开放数据库：癌症精准诊断蓬勃沃土

  近日，20家美国著名学术机构、药物诊断开发商的联合项目--液体活检数据库?Blood Profiling Atlas正式启动。作为癌症登月计划的一部分，该项目旨在推进血液分析与诊断技术的进一步发展。
  据了解，该数据库将协调汇总美国各科研院所和医院的循环瘤细胞（CTC）、循环瘤DNA（ctDNA）、外泌体检测的原始数据和选择性临床数据并向大家免费提供。
  作为该项目成员之一的Seven Bridges市场总监Andrew Gruen告诉记者，“我们的目标是在未来的45-60天内实现大量临床数据的分析归位与深度挖掘。”
  日前， 作为生物医学数据分析软件开发商的Seven Bridges正与芝加哥大学合作策划此项目的数据库部分。 该公司表示将致力于提供为期六个月的工程学、生物信息学服务以及高达50万美金的计算和存储信息资金以促进分析软件的开发与应用。项目负责人Gruen表示，“如果我们能成功做到这一点，那么我们将开始一项伟大的前瞻性研究，真正了解我们所拥有几百亿的数据。”
  该项目涉及的血液样品来自于包括阿斯利康、礼来制药、Epic Sciences 、斯隆凯特林癌症中心（MSK）、Foundation Medicine、Genentech、Guardant Health、Personal Genome Diagnostics(PGDx)、诺华、辉瑞在内的13家企业与科研机构。
  MSK（斯隆凯特林癌症中心）表示其愿意分享血液样本收集的方法、不同处理方法的无细胞核酸分析比较结果以及来自转移性前列腺癌患者的CTC数据。 这些数据都将有助于解释以往治疗效果的影响。
  MSK研究学者Scher博士强调道：“前列腺癌是一种很难以活检方法确认的癌症，它不在肿块间扩散，而是浸润骨髓，这就使得它难以被检测出来。因此，我们将基于Epic Sciences的实验方法在表型和基因组水平上进一步提供前列腺癌的CTC表征数据。并正与Epic合作一种细胞分类方法，即如果细胞看起来相似，那么他们可能有类似的遗传改变，由此来达到分类细胞的目的。”
  此外，PGDx也将提交来自500个样本的数据，并与其生物制药实验室的合作伙伴一起将所生成的数据传输到Atlas终端。 PGDx将免费共享其肿瘤谱分析平台上的专业知识、协议和非专有ctDNA分析数据。
  PGDx转化科学与诊断专家John Simmons博士指出，该数据库的启动对精准肿瘤学领域的起步至关重要，可以让人们更全面地了解如何使用液体活检以及应用液体活检时应注意的各种影响因素。
  同时，密歇根大学的四个研究团队也将共享其研究数据，包括多癌症患者的全基因组测序数据、乳腺癌患者的无浆肿瘤细胞的DNA和PCR数据、健康个体的血浆RNAseq数据以及乳腺癌患者血液样品中分离的循环肿瘤细胞数和蛋白质标记数据等。
  去大部分科研机构和产业机构不同，诺华集团则强调评估包括基于PCR方法和基于下一代测序方法的cfDNA检测技术。诺华发言人Tina Tuttle并强调，诺华公司将分享用于ctDNA血浆收集的SOP、不同厂商的ctDNA提取试剂盒的评价结果并使用设计样品评价ctDNA检测技术的临床性能。（转化医学网360zhyx.com）