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《转》访圣庭生物总裁陈贤丰:生物大数据,医学变革新契机

首页 » 《转》访 2015-09-18 转化医学网 赞(5)
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导读
《转》访是转化医学网的品牌专访栏目,是业内专家、大佬、知名企业智慧交流碰撞的平台,也是促进行业健康发展的重要力量,《转》访致力于打造转化医学领域最知名的专家访谈栏目。

  转化医学网:陈博士,您好!我们了解到,您在美国从事生物信息学研究多年,您可否谈谈目前国内外生物大数据科学的发展状况?
  陈贤丰:我们知道,“人类基因组计划”带动了生物行业的一次革命,目前高通量测序技术发展非常迅速,这就让生命科学研究有了强大的数据产出能力。对于生物医学来说,积淀的数据资源是大数据时代的基础之一。反过来大数据的挖掘应用,也在引发着生物医学的变革。
  目前很多国家都启动了生命科学基础研究计划,如国际千人基因组计划、DNA百科全书计划、英国十万人基因组计划等。这些计划引领生物数据呈爆炸式增长,目前每年全球产生的生物数据总量已达EB级,从某种程度上说,生命科学已经成为大数据科学。
 转化医学网:2015年精准医疗特别火热,您能简单讲讲生物大数据对于精准医疗的意义吗?
  陈贤丰:首先我们要清楚,之所以有精准医疗,就是因为从基因组研究开始导致了所有组学的发展,使得我们能从更精确的层次上,对生命活动有所了解。所谓精准,就是精准到分子水平,我们能精确地知道疾病、健康、生命活动的分子基础,包括基因组、转录组、蛋白质组、代谢组学等一系列组学。
  与组学相对应的,就是对生物大数据的获取、分析、注释等一系列工作。精准医疗需要依赖患者多方面数据的积累,包括各种生物组学数据(基因组、蛋白组等)、患者病史、生活习惯、行为习惯等多方面,对比过往患病人群到相关数据,通过大数据分析,找出最优的治疗方案。这一理念的实现,都依赖于生物大数据的积累、以及后续对这些数据的挖掘和解读。
  转化医学网:我们知道Myriad Genetics是世界上最成功的基因公司之一,您曾在Myriad长期担任生物信息项目负责人,可以简单讲讲您在那的工作么?
  陈贤丰:我是于2002年加入Myriad公司,其实Myriad公司很早就分离出了乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2,并获得了相关的7个专利授权,每年为将近100万患者提供服务,几乎垄断了乳腺癌基因诊断市场。Myriad积累了庞大的临床和遗传数据,我在Myriad的工作就是和这些数据打交道,要知道很多不明临床意义的突变在大量的临床研究数据之下变得更加清晰,这些独一无二的肿瘤数据库才是真正的价值所在。但是如何高效管理和应用这些数据是个难题,我们通过建立KBase来解决这个问题。
  这里我简单介绍一下--Knowledge Base,简称KBase,最早由美国NSF提出,通常用于大规模信息工程中,使用高性能和高通量的超级计算机来支持数据采集,数据存储,数据管理,数据集成,数据挖掘,数据可视化和其他计算及信息处理服务。一个Kabse常常通常包含了超级计算机系统、多个数据库系统、相关软件管理和分析系统以及必要的可视化数据展示。我的团队在Myriad参与开发构建了基于BRCA1/2的乳腺癌KBase系统,事实证明我们构建的KBase是一种可以连接各组学数据, 计算机和人高效的技术解决方案,在新药开发筛选、靶点识别等方面起到重要作用。
  转化医学网:圣庭生物在浙江设有测序中心和医学检验所,还在北京、上海、新疆设立了实体分部,请问圣庭目前主要的业务模式是怎样的?
  陈贤丰:我们在科研市场已经有了稳定的份额,在基因组学、转录组学和表观遗传学等多组学水平与国内外众多科研机构开展了广泛合作,公司拥有Hiseq、Miseq、Ion Proton、PGM 4型测序仪,可以满足客户各种需要,现在机器基本做到满负荷运转。我们的团队花大力气开发的生物信息分析平台,也受到了很多客户的肯定,发表了很多高水平成果。
  目前我们正在大力开展临检服务业务,其中无创产前筛查业务已经很成熟,之前卫生部举办的高通量基因测序室间质评中,圣庭医学检验所参与的所有项目均获得满分,其中包括无创产前检测和肿瘤基因检测项目。目前我们已经与国内数家无创试点单位签订了战略合作协议。圣庭医学检验所是我们目前主要的着力点,同时我们非常重视公司营销体系的建设,服务渠道和流程也愈加完善,今后圣庭还将在全国主要城市建立医学检验所。
  转化医学网:圣庭生物在大数据上有哪些布局?您心目中未来的圣庭应该是怎样的一家企业?
  陈贤丰:圣庭在整个临床基因检测领域进行了多层次的布局和人才储备,这是我们的核心竞争力。圣庭的运营方式上比较西化,我们借鉴了很多美国成熟基因检测公司的经验,并且愿意以开放的心态欢迎各领域的合作,与大家共同推动中国基因产业的发展。我希望未来圣庭可以提供全方位的基因检测和健康管理服务,实现医疗体系的前移,同时创造一个大的平台,引进整合优秀的项目产品,合力构建一个健康的基因产业生态圈,为客户提供最佳的线上线下体验。
(转化医学网360zhyx.com)

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