纳米孔测序----尚不成熟的技术

  纳米孔测序，是国际上最受人关注的第三代测序技术之一。其创新的电信号检测和单分子长链测序，让全世界的科研工作者翘首以待。做为纳米孔技术的领跑者，英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室，测试他们的样机。我的两个朋友，一个在美国新墨西哥大学，一个在University of Queenland，分别测试了牛津纳米孔ONT。结论是：纳米孔测序尚不成熟。
  测序长度长
  纳米孔测序的测序最长可达到89kb，令人感到恐怖。也就是说，纳米孔测序可以一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。对于很多小基因组，连组装都省去了。纳米孔的平均读长可达4.3kb。毫无疑问这是迄今为止，所有测序仪中测序最长的。
  测序错误率超高
  35%，对，这就是纳米孔测序的错误率。我刚开始看到这个数字的时候，还以为看错了。但确实，平均10个碱基，就有3.5个测序错误。其中3%的插入错误，16%的删除错误，16%的错配。高达35%的错误率，意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区，也成为纳米孔测序的致命弱点。
  当前的纳米孔测序未来有可能在哪些领域有优势呢？1，在细菌和病毒等病原体检测方面，纳米孔测序可以无需组装就可以得到全基因组。2，利用长度长的优势，和二代测序结合，协助组装基因组。
  最后，我画了一张图，来比较目前的三个第三代测序技术。

  很明显，测序最准确的是Helicos平台，测序最长的是Nanopore。三代测序要成为一个成熟的，可以在临床广泛使用的技术，还需要数年的优化和提高。

作者：贺建奎