【精华回顾】应建明教授分享二代测序用于肿瘤精准诊疗的临床应用实践

应建明

中国医学科学院肿瘤医院

病理科副主任，主任医师

肿瘤分子病理检测临床意义重大

 ALEX: 研究者评估的PFS

ALK阳性晚期NSCLC患者接受抗ALK治疗，中位无疾病进展生存时间（PFS）达34.8个月

法国318例接受克唑替尼治疗患者OS

ALK阳性晚期NSCLC患者接受抗ALK治疗，中位总生存时间（OS）达89.4个月

肿瘤分子病理临床检测的目标

最大程度地检出靶分子异常：检出率和成本的平衡？

晚期肺癌药物治疗进展

越来越多的罕见基因异常与明显的靶向治疗

AZD5363治疗

AKT1 E17K基因突变肿瘤

常见肿瘤发生率0.1-8%

平均5线治疗后，ORR 16%

Larotrectinib治疗

NTRK1/NTRK2/NTRK3基因融合肿瘤

常见肿瘤发生率0.5-1%

ORR 75%

应教授从临床、患者以及一个检测者的角度来讲。这里可能在很多的这个患者和医生当中需要去做一个选择的，但这个问题的前提一定是规范化、标准化的检测。

基于靶分子检测的肿瘤治疗时代？

多数的癌症患者可能至少有一个可靶向的基因变异

越来越多的驱动基因检测需要更多标本量及高通量检测技术

基于分子病理检测的晚期肺癌患者可能获益的治疗模式

肿瘤精准诊疗的前提是精准诊断

  肿瘤分子检测面临的实践问题

      基因检测数量逐渐增多，包括常见突变和少见乃至罕见突变（50%-0.1%）共存，如何有效检测？

      基因突变类型各异，如何提高“效率”？

      耐药机制的检测，如何更优效？

      如何看待常见把分子突变发生在非常贱病种？

      如何看待NGS在免疫治疗疗效预测中的作用？

不同的EGFR突变类型对1st TKIs的疗效反应不同

EGFR突变检测平台

ARMS vs. NGS: NGS检测范围广

EGFR突变丰度与EGFR-TKIs疗效？

突变丰度决定因素：

1.     肿瘤细胞含量

2.     肿瘤异质性

（有和无突变；有和无扩增）

EGFR突变伴扩增/高表达与TKIs疗效

肿瘤EGFR突变异质性

根据肿瘤细胞含量将肿瘤样本分为了三组：

①G1组：肿瘤细胞含量为10%-19%（低）；

②G2组：肿瘤细胞含量为20%-30%（中）；

③G3组：肿瘤细胞含量为>30%（高）；

                                     

肿瘤含量对突变检出的影响

不同的样本不同的总结细胞的含量，以及不同的基因突变的检测率是不同的，也就是说实际上对于每一个个体而言，肿瘤的标本的质量还有肿瘤的丰度可能会影响了所用方法学的差异。这是一个整体的概念。患者与患者之间标本的差异是非常明显的。

ARMS检测的优势

应教授做了一个很简单的一个比对：ARMS vs. NGS

ARMS可能是一个很有效的补充

LOD低；DNA用量少；报告周期短。

EGFR突变患者1st EGFR-TKI疗效不佳与合并其他驱动基因异常以及PD-L1高表达有关

  15例EGFR-TKI原发耐药性患者

       4例为c-MET扩增

       1例为KARS G12D突变

       1例为PIK3CA突变

一代EGFR-TKI疗效不佳可能受多重因素影响

EGFR T790M突变

  敏感度

  敏感突变+耐药突变

  其他耐药机制

EGFR TKI耐药分子机制

  60%有二次EGFR T790M突变

  20%有HER2、BRAF、MET

EGFR-三代TKI耐药患者耐药

三代TJI耐药突变患者，敏感突变检出率为75%，敏感突变+T790M的检出率约为34%，敏感突变+T790M+C797S的检出率为22.2%。

TATTON研究：EGFR+且伴随MET扩增的患者

osimertinib+ savolitinib二线治疗

ALK易位检测

  敏感度

  易位亚型

  耐药突变

ALK基因融合

  在非小细胞肺癌中已确定了几种EML4-ALK融合变异体，并证明其具有功能活性。

  转化需要ALK酪氨酸激酶的活性。

  证据表明ALK抑制剂可致体内肿瘤缩小，提示癌基因依赖，可以作为潜在的靶点

不同变异体的耐药机制不同

Variants 3 更容易发生耐药突变，影响不同TKI的治疗结局

基于DNA水平NGS检测ALK融合

  共检测了114例样本

  所有的病例经ALK FISH和/或 IHC检测证实

  结果：

    —Sensitivity: 91.01%

    —Specificity: 100%

  *8例NGS假阴性

    —2 FISH+/IHC+

    —2 FISH+/IHC-

    —4 IHC+/FISH-

  **NGS：未见假阳性（？）

基于RNA水平的NGS检测ALK融合

  共3128例NSCLC、IHC和FISH检测ALK阳性率分别为228（7.3%）和214（6.8%）

  其中14例FISH-/IHC, NGS检测8例EML4-ALK融合

病例1 胰腺癌

胰腺癌，四期；

双侧肾上腺转移；

左侧腋窝LN转移；

腹膜后LN转移；

肠系膜LN转移。

治疗史：

  2019.7.5 伊利替康+奥沙利铂+卡培他滨化疗3周期后进展；

  2019.8.22 改为白蛋白紫杉醇+吉西他滨化疗2周期后进展

胰腺癌ALK融合

改为靶向治疗

2019.10.21 开始克唑替尼；最佳疗效PR

2020.3.21 复查，疗效SD

肿瘤精准诊疗的前提是精准诊断

  肿瘤分子检测面临的实践问题

    基因检测数量逐渐增多，包括常见突变和少见乃至罕见突变（50%-0.1%）共存，如何有效检测？

    基因突变类型变异，如何提高“效率”？

    耐药机制的检测，如何更优效？

    如何看待常见靶分子突变发生在非常见病种？

    如何看待NGS在免疫治疗疗效预测中的作用？

        初治晚期肿瘤患者如何检测？

        耐药患者如何检测？

TMB作为ICB疗效biomarker: Checkmate-026

  Checkmate026研究对312例入组患者的TMB进行了回顾性分析

  结果显示，相比PD-L1, 选择TMB作为nivolumab治疗NSCLC的biomarker， 能更好地区别获益人群。肿瘤突变负荷（TMB）越高的患者使用免疫治疗疗效越好。

小结

NGS检测已成为肿瘤精准诊疗最有力的检测技术

晚期肿瘤患者应至少有机会检测一次NGS（视临床场景）

NGS检测应规范化、标准化、实现文库构建自动化、判读等

NGS检测需严格内外部质控

重视NGS的局限性（易位、CNV、标本质量等）

分子病理检测重视多平台间的互补、互证

（转化医学网360zhyx.com）