【精华回顾】雷玲教授分享全外显子技术在产前诊断的临床应用

  ·大约3%的胎儿会超声显示出结构异常，从单个轻微缺陷到致命的严重多系统异常

      ·胎儿结构异常可与所有类型的遗传变异相关：非整倍性、单亲二倍体、CNV、单基因变异

      产前遗传学诊断概况

  -常规染色体核型分析技术总体检出率：10%-18%

     -染色体微阵列技术比核型分析提高了4-6%的额外诊断率

     ·70%-80％具有正常核型的异常胎儿也具有正常的微阵列检测结果，因此绝大多数超声结构异常胎儿仍然无法获得明确的诊断。

  在没有充分临床数据和验证研究的背景下，在产前诊断中不建议常规使用全基因组测序或全外显子测序

      在某些情况下选择产前外显子测序是合理的：胎儿多发畸形、反复多次胎儿异常但常规检测未确诊（核型或芯片）

      目前WES应用与产前诊断病例数最大的两项研究

      PAGE研究

  ·来自英国和苏格兰的34个胎儿医学中心（2014年-2017年）

      ·610个超声结构异常胎儿病例家系（排除染色体核型和CMA结果阳性）

      ·WES-trios 检测，分析与发育相关的1628个基因

      ·诊断率：8.5%（52/610）胎儿寻找到与临床表型相符的致病或可能致病变异

      ·从临床表型分类上看，阳性率最高的表型是：多发畸形、骨骼发育异常、心脏畸形。

      Columbia大学研究

      ·来自美国哥伦比亚大学产前儿科中心（2015年-2017年）

      ·234个超声结构异常胎儿病例家系（排出染色体核型和CMA结果阳性）

      ·Wes-trios 诊断率：10%（24/234），额外检出20%与胎儿表型不直接相关疾病

      ·从临床表型分类上看，阳性率最高的表型是：心脏畸形、NT异常、中枢神经系统异常、骨骼畸形

  WES用于产前的临床指征

      ·本次妊娠中，胎儿存在单器官严重畸形或多发畸形，提示可能为单基因遗传病，但常规核型和CMA检测非阳性者。

  ·夫妇双方曾孕育先天畸形胎儿（未行遗传学诊断），本次妊娠有相似表型但核型和/或CMA阴性，或夫妇双方

      ·拒绝行胎儿侵入性产前诊断时，可行夫妇双方测序以寻找解释胎儿表型的染色体隐性突变。（注意，在允许的情况下，优先选择从先证者获得用于全外测序的组织。）

      ·具有病因不明的复发性死产史而核型和/或CMA检测阴性，本次妊娠胎儿具有相似的的表型异常。

  ·WES在结构异常的胎儿的基因诊断阳性率差异很大（6.2-80％），主要取决于样本量、入组病例标准、分析模式（先证者 or 家系）等

      ·WES在单一畸形胎儿病例中额外检测率为3.6%-8%；在多发畸形胎儿病例中额外检出率为14.3%-30%

      ·单基因病检出率较高的受累系统主要有：神经系统、心血管系统、骨骼系统

      ·单基因病检出率较高的临床表型为：骨骼发育异常、多发畸形、心脏异常、胎儿水肿

       WES在产前诊断应用的局限性

  ·虽然WES检测可以进行一定程度的CNV分析，但其准确性仍然有待验证，目前依然推荐CMA

      ·由于部分基因存在高重复低复杂度区域或假基因，以致检测不能完全覆盖其所有外显子区，但总体覆盖度可达95%以上不能覆盖

  -产前超声检测仅能提示非常有限的结果和形态学特征，没有特异性，不确定的产前表现给结果解读带来极大的困难和挑战

      -许多重要的临床特征在产前无法检测到，如智力障碍、器官功能异常

      -缺少胎儿表型异常的参考数据库，当前数据库均来源于产后患者

      ·缺少变异解读和报告原则

  ·产前羊水样本质量差（DNA降解、母血污染问题）

      ·检测成本依然很高

  ·时间周期压力大

（转化医学网360zhyx.com）