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【战新冠】发现新型变异病毒快速增长,海外感染比例远超中国!

首页 » 产业 » 行业 2020-04-22 志诺维思 赞(7)
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导读
截至4月20日,“战新冠”平台一共收集到来自65个不同国家和地区的5506条新冠病毒的全基因组序列,与2月21日报告的结果相比,数据量增加近47倍。


战新冠@志诺维思
fight-sars2@genowis.com
2020年4月21日
摘  要

“战新冠”(fight-sars2.genowis.com)致力于监测新冠病毒的变异及演化动态,希望通过世界各地的新冠病毒序列分析出疫情期间,病毒所发生的变异及其群体变化。截至4月20日,“战新冠”平台一共收集到来自65个不同国家和地区的5506条新冠病毒的全基因组序列,与2月21日报告的结果相比,数据量增加近47倍。我们发现在所有的变异当中,有一支变异(S:D614G)毒株从二月下旬开始快速传播,并成为了所有序列中占比最大的株群(59.6%),该变异的毒株主要分布于欧洲、美国和澳大利亚等地区,在中国(共21条)含该变异毒株群比例为7.6%(21/276),美国(885条)该变异毒株比例高达61.2%,除中国以外其他国家和地区含有该变异的毒株比例高达62.8%。这是一个值得大家警惕的消息,虽然国内的新冠肺炎疫情防控已经取得了初步有效的控制,但是严格防控海外输入病例的策略接下来仍是“战疫”主题。

考虑到S:D614G变异发生在新冠病毒的S蛋白(刺突蛋白,Spike glycoprotein)上,而该蛋白与人体ACE2蛋白结合又正是新型冠状病毒感染人体细胞的关键[1],我们完全有理由猜测S:D614G变异可能增强了S蛋白与ACE2蛋白的结合能力,更容易地将病毒包膜与细胞膜融为一体,从而将病毒内的遗传物质注入细胞,达到感染细胞的目的。4月19日李兰娟院士团队发表在医学预印本平台medRxiv的研究发现与S:D614G变异毒株(主要发现于欧美)的同簇分离株ZJU-1在感染Vero-E6细胞24小时后,病毒载量是ORF8:L84S变异毒株(主要发现于武汉)分离株ZJU-2和ZJU-8的19倍[2],表现出了更强的毒性与传播能力。这一发现在一定程度上印证了我们的猜想,但还需要更直接的证据去加以验证,这也有可能是近一个月欧美感染确诊人数急剧上升的原因之一。
图(a)历史最大变异群体的占比:该曲线图展示了所有株群中,群体最大的毒株群占所有毒株的比例随时间变化的趋势。最大群体的占比从其成为最大群体的当天开始统计,历史最大群体的占比统计将持续被统计;(b)变异株群S:D614G的群体在全球范围内的分布。

声明与致谢
本文为作者原创内容,任何单位或个人转载请回复本微信公众号获得授权,转载时务必标明来源链接及公众号名称,否则追究法律责任,如有问题可发信至fight-sars2@genowis.com。本文所展示分析结果及图表均来自“战新冠”病毒基因变异动态监测平台(fight-sars2.genowis.com),该平台依托于志诺维思基因组大数据分析系统“智能基因云”(igenomecloud.com) 和世界领先病毒分析技术Nextstrain(nextstrain.org)实现。文中提及的新冠病毒基因组数据来自于国家基因组数据中心、国家基因库以及GISAID平台授权共享使用,我们衷心感谢各位研究者的贡献。


查看全文请点击Sars-Cov-2_2020-4-20或关注志诺维思“基因智慧”公众号


参考文献
[1] Renhong Yan, Yuanyuan Zhang, Yingying Guo, Lu Xia, Qiang Zhou. Structural basis for the recognition of the 2019-nCoV by human ACE2. bioRxiv 2020.02.19.956946; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.19.956946.
[2] Hangping Y, Xiangyun L, Qiong C, et al. Patient-derived mutations impact pathogenicity of SARS-CoV-2. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.14.20060160v1.full.pdf.
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