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柳叶刀:10279例病人样本阐明食道癌相关发病基因,为癌症患者带来福音

首页 » 研究 » 肿瘤 2016-08-17 转化医学网 赞(3)
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导读
食道腺癌的发病率在最近几年日益上升,而我国正是世界上食道腺癌高发地区之一,每年平均病死约15万食道腺癌病人。相关研究表明,食道胃液逆流所引起的巴雷斯特食道症有50%的可能会演变成食道腺癌。目前,由于有效预测因素的缺失,由巴雷斯特食道症所引起的食道腺癌很难得到有效的临床管理。
食道腺癌的发病率在最近几年日益上升,而我国正是世界上食道腺癌高发地区之一,每年平均病死约15万食道腺癌病人。相关研究表明,食道胃液逆流所引起的巴雷斯特食道症有50%的可能会演变成食道腺癌。目前,由于有效预测因素的缺失,由巴雷斯特食道症所引起的食道腺癌很难得到有效的临床管理。

在上周五最新在线出版的《柳叶刀》上,来自澳大利亚皇家布里斯班医院Puya Gharahkhani博士团队以及数个专注于研究巴雷斯特食道症与食道腺癌的国际团队联合发表了他们关于巴雷斯特食道症与食道腺癌遗传机制的最新研究成果,文章标题为“Genome-wide association studies in oesophageal adenocarcinoma and Barrett's oesophagus: a large-scale meta-analysis。”在这篇文章中,Gharahkhani博士和他的同事们阐明了几种新的巴雷斯特食道症和食道腺癌发病相关基因。

Gharahkhani博士及其同事对PubMed中截止至今年2月29日的巴雷斯特食道症与食道腺癌相关全基因组关联研究进行了meta分析,Gharahkhani博士及其同事选取的所有相关研究中病例皆为欧洲血统并得到了组织病理学诊断确认。这些来自欧洲、北美以及澳大利亚范围内四个不同区域的病人均接受了基于高密度单核苷酸多态性(SNP)的基因分型。Gharahkhani博士及其同事使用固定结果的逆方差加权方法以及标准全基因组重要性阈值(p<5 × 10−8)对这批病人的测序结果进行了Meta分析。同时,研究人员在使用全基因组重要位点注释富集分析调整筛选基因位点权重之后对所得数据进行了关联性分析。此外,研究人员使用包括功能注释数据库、基因和信号通路研究在内的生物信息学方法完成了整个数据集的分析,确定了数种与巴雷斯特食道症和食道腺癌发病在病理水平存在关联的细胞生物学信号机制。
该研究共涵盖了6167位巴雷斯特食道症患者与4112位食道腺癌患者。除此之外,研究人员还从欧洲、北美以及澳大利亚范围内四个不同区域的相关研究中选取了17159名健康人作为控制组。通过对这些病人的对比分析,Gharahkhani 博士及其同事共发现了8个与巴雷斯特食道症或食道腺癌发病风险相关的基因位点,这些新发现的基因位点位于CFTR (rs17451754;p=4·8*10−10), MSRA (rs17749155;p=5·2*10−10), LINC00208/BLK(rs10108511;p=2·1*10−9), KHDRBS2 (rs62423175;p=3·0*10−9), TPPP/CEP72 (rs9918259;p=3·2*10−9), TMOD1 (rs7852462;p=1·5*10−8), SATB2 (rs139606545; p=2·0*10−8)以及HTR3C/ABCC5(rs9823696; p=1·6*10−8)之中或位于这些基因附近。HTR3C/ABCC5基因附近的基因位点与食道腺癌发病的显著相关(p=1·6 × 10−8),同时,HTR3C/ABCC5基因附近基因位点变异独立于巴雷斯特食道症而促进食道腺癌的发病(p=0·45)。在显著富集注释调整权重之后,研究人员在LPA基因(rs12207195; 后验概率0·925)中发现了第九个与巴雷斯特食道症和食道腺癌发病风险相关的基因位点。同时,研究人员分析发现与上述两种疾病发病最为相关的信号通路属于肌细胞分化与间质发育和分化通路(p<10−6)。

通过这种针对全基因组关联研究的Meta分析,Gharahkhani博士及其同事新发现了两倍于原有已识别位点的巴雷斯特食道症和食道腺癌发病风险相关的基因位点,为上述两种疾病的发生提供了新的解释。除此之外,与食道腺癌发病密切相关的HTR3C/ABCC5基因临近位点有望被开发为一种新型的遗传标志物,用于巴雷斯特食道症是否会恶化为食道腺癌的预测。

对于上述两种疾病发病最新揭示相关基因位点的精细定位和功能研究可以促进科学界尽快识别导致巴雷斯特食道症和食道腺癌发病的关键分子,促进新型预防和干预策略的开发,为全球百万食道腺癌高发人群和食道腺癌患者带来福音。

注:Meta分析中文译为“荟萃分析”,定义是“The statistical analysis of large collection of analysis results from individual studies for the purpose of integrating the findings.”中文译为:对具备特定条件的、同课题的诸多研究结果进行综合的一类统计方法。

广义上的Meta指的是一个科学的临床研究活动,指全面收集所有相关研究并逐个进行严格评价和分析,再用定量合成的方法对资料进行统计学处理得出综合结论的整个过程;狭义上的Meta指的是一种单纯的定量合成的统计学方法。

投票:你看好Meta分析在遗传学研究中的前景吗?
A.大数据与科研结合已是必然,Meta分析的用武之地定将越来越广。
B.没有具体的实验室研究,Meta分析只会成为虚无缥缈的空中楼阁。
(转化医学网360zhyx.com)
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