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CRISPR-Cas9技术关键发明人Emmanuelle Charpentier:CRISPR改变了我的生活

首页 » 产业 » 人物 2016-05-11 生命奥秘 张洁 赞(8)
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导读
微生物学家Emmanuelle Charpentier之前一直没有固定的实验室,过着艰苦孤寂的科研生活。但她在CRISPR技术方面的工作彻底改变了她的生活。


Emmanuelle Charpentier:CRISPR-Cas9基因编辑技术的关键发明人
  微生物学家Emmanuelle Charpentier之前一直没有固定的实验室,过着艰苦孤寂的科研生活。但她在CRISPR技术方面的工作彻底改变了她的生活。
  Emmanuelle Charpentier的办公室空荡荡的,仅有一台电脑。墙角堆着泡沫包裹着的她的照片,旁边房间里堆满了装有书籍、文献的纸箱。但位于走廊那头的实验室则充满活力。6个月以前,Charpentier搬到了柏林。她在几周内安排好了科研相关事宜,同时决定把其他事情先放一放。坐在简陋的办公椅里,她指出,推进实验才是当务之急。
  Charpentier的办公室反映了她的科研生活——她似乎总是流离于各个机构之间,但始终保持科研的推进速度。如今48岁的她在过去20年内,先后在5个不同国家的9所机构做过研究,在科研的阶梯上越爬越高。她表示,她总是不得不从头开始建立新的实验室。很多灵感在她打包东西时不期而至。在45岁以前,她一直都无法雇佣技术员,也只受到过短期基金支持。巴黎巴斯德研究所(Pasteur Institute)的研究者、Charpentier的博士导师Patrice Courvalin盛赞Charpentier,“她非常聪明,哪怕是在沙漠里,她都能建立实验室。”
  这种流浪生活似乎并未对Charpentier的科研产生影响,她谨慎地解析了细菌控制基因组的系统。Charpentier被认为是CRISPR-Cas9的关键发明人之一,这一技术改变了整个基因编辑领域。今年,她已经获得了十个科技类大奖,并已被正式任命为柏林马克斯-普朗克研究所(Max Planck Institute)感染生物学主任。2013年,她共同创立了一家基因治疗公司CRISPR Therapeutics。该公司现已成为世界上资金最丰富的临床前生物技术公司。她本人也深陷CIRPSR专利技术纠纷之中。去年9月,Charpentier的电话一直响个不停。来自世界各地的记者试图联系她,因为他们认为她可能可以拿到2015年的诺奖提名。
  Charpentier并不习惯镁光灯下的生活,她是CRISPR技术发明人里最低调的一个。她指出,法国哲学家Jean-Paul Sartre说过,得奖只会把你禁锢在一个小圈子里。 Charpentier只想脚踏实地地做研究。这一点上,她似乎非常成功。就在4月底,她在《自然》(Nature)杂志上发表了论文,提出了一种更简单,更有效的CRISPR系统。
  了解Charpentier的同事们都这样形容她:谦虚、努力、充满激情。“她个头小小,但意志非常坚定,而且非常固执。”上世纪90年代她的博后研究员、现任CRISPR  Therapeutics首席执行官Rodger Novak这样说道。而Courvalin看法也差不多,“她(Charpentier)一旦确定了一个目标,就会咬住不放,非常锲而不舍。”
  医学梦想
  Charpentier看起来又瘦又小,一双暗得发黑的眼睛让她显得有些焦躁。她在巴黎附近的一个小城镇长大,她一直有个梦想:为推进医学做一些贡献。这个梦想萌芽于对一位住在古老修道院的传教士嬷嬷的拜访,那时小小的她就希望能以“在一个舒服的环境里,安安静静地做自己的事情”的方式实现推进医学的梦想。
  Charpentier的父母也支持她的梦想,并没有特意引导她在任何领域的兴趣。她学过钢琴和芭蕾,最后出于对医学的热爱,投身到了生命科学研究中。在巴黎第六大学(Pierre and Marie Curie University)读大学时,她决定在附近的巴斯德研究所(Pasteur Institute)读博。巴斯德研究所在基础研究上负有盛名,而Charpentier想参与到这里的抗生素抵抗项目中。她的博士项目涉及分析在基因组和细胞之间移动的细菌基因片段(这些移动的DNA片段在细菌种群之中传递药物抵抗)。
  在巴斯德研究所的几年为她今后的科研打下了坚实的基础。她表示,博士生活“年轻而有趣”。她喜欢在圣母大教堂附近的图书馆学习,喜欢绿顶台灯投射下来的三角形的灯光。“我意识到,我已经找到了想要的那个环境。”她的志向是在巴斯德研究所建立自己的实验室,但这需要有国外的博后经历。“我是上世纪90年代典型的法国学生。我当时想的是,短暂的出国之后,以后都可以在国内工作。”
  Charpentier向美国多个机构投出了50多封求职信,拿到了一堆录用通知书。她决定去洛克菲勒大学(Rockefeller University)微生物学家Elaine Tuomanen的实验室,开展肺炎链球菌的研究。肺炎链球菌是肺炎、脑膜炎和败血症的主要病原体,它具有自由移动的遗传元件,可以在维持病原特性的同时在基因组里移动。Tuomanen实验室对该细菌进行了测序,下一步计划研究这些移动的遗传元件的落脚点及其影响。
  Charpentier开展了一系列艰苦的实验,以研究肺炎链球菌如何监控和操控这些遗传元件。她发现了这些病原体获得万古霉素(一种当时最强效的、作为最后手段的抗生素)抵抗的机制。初到纽约时,她心情忐忑。不过她很快沉浸到工作中,意外的是,她发现自己居然不思乡。因此,当Tuomanen把实验室搬到田纳西州的孟菲斯时,她决定先不回国,而是加入到纽约大学医学院(New York University School of Medicine)皮肤细胞生物学家Pamela Cowin的实验室。在这里,她通过小鼠实验,学习了哺乳动物基因相关知识。
  Cowin始终记得Charpentier,因为这是他第一个不需要详细指导的博士后。“她自己有思路,做研究非常谨慎,注重细节,执行力强。”Charpentier很快发现,操控小鼠的基因比操控细菌的基因难得多。在这个项目上,她花了两年时间,发表了一篇关于毛发生长调控的论文,对哺乳动物基因有了深刻的理解,同时她强烈希望能研发出快捷易用的基因编辑工具。
  在纽约又做了一轮博后之后,Charpentier决定,下一步就回欧洲,建立自己的实验室。在美国的时光让她明白,她不必非要回到法国,在欧洲做科研也是不错的选择。在欧洲各国中,她选择了维也纳。2002年,她到维也纳大学工作,在之后的7年里一直依赖短期基金来运营实验室。她表示,那时条件十分艰苦。不过值得高兴的是,她了解到了调控细菌的每条生化通路。这是一个令人兴奋的时期。这段时间里,研究者们发现了调控基因的小RNA分子的重要性。Charpentier则针对不同的细菌开展了多个项目。Charpentier承认,当时开展了太多项目,但她一直能拿到基金。她发现了化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)中有一种RNA,这种RNA可以调控一类对细菌毒力有重要作用的分子的合成。
  在维也纳,Charpentier第一次开始思考CRISPR。在本世纪初,CRISPR是一个冷僻领域:少数研究者注意到这种抗病毒机制。部分细菌在检测到入侵病毒后,拷贝病毒DNA的一部分,将这部分插入到自己的基因组中。下次同种病毒来袭时,细菌能快速识别,将病毒DNA切断。这个系统被称为CRISPR系统。不同细菌的CRISPR系统有所差别,但都包含一个RNA分子,也就是CRISPR RNA。
  Charpentier希望能找出化脓性链球菌中负责编码调控RNA的位点,但她发现这种细菌的生信信息并不多。所以她找到了研发大规模绘制基因组中RNA图谱方法的分子微生物学家J?rg Vogel,Vogel后来成为了马普所感染生物学的小组长。Vogel同意对化脓性链球菌绘制RNA图谱。到2008年,他完成了队化脓性链球菌产生的所有小RNA的测序。
  图谱完成后,研究人员注意到的第一点是一个含量极高的小RNA——反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)。该RNA在基因组的位置和Charpentier生信方法预测的CRISPR位点非常接近。此外,其序列也提示着CRISPR系统中可能包含这种RNA,这是以前从未发现的。Charpentier等人开展了一系列实验,探索这个系统。他们发现,化脓性链球菌中的CRISPR系统只有三部分——tracrRNA、CRISPR RNA和Cas9蛋白。Charpentier指出,这是一个意外的惊喜:其它CRISPR包含一个RNA和很多蛋白质,从来没人设想过一个CRISPR系统里会有两个RNA。这个系统非常的简单,她意识到,有一天CRISPR会成为一种强大的基因编辑工具。如果可以控制这些元件,那么就能利用CRISPR-Cas9系统来识别、剪切和改变基因组中任意位置的DNA。
  但CRISPR的具体机制是什么呢?Charpentier怀疑两种RNA可能相互结合,引导Cas9到达病毒的特定DNA处。这个想法有些异想天开,因为一般是两种蛋白发生结合,产生此类作用。但正如Tuomanen所说,“Charpentier总是喜欢探索异常点,她喜欢反传统。”据Charpentier回忆,当时她无法说服学生追随她的知觉,开展关键性实验,以观察两种RNA是否相互作用。最后是维也纳大学(University of Vienna)的一个硕士生自愿开展这项试验。
  但2009年6月,Charpentier又要搬离维也纳。她在这里完全没有家的感觉,这里的高楼大厦只让她觉得压抑。据她回忆,当时,她需要的是做出重大的发现。因此,她决定跳槽到瑞典北部新成立的、资金充足的Ume? Centre for Microbial Research。她喜欢这座古老的小镇,甚至爱上这里漫长、阴暗的冬天。她觉得这让自己失去时间感,更能专注于工作。
  2009年夏天,Charpentier在澳大利亚和瑞典来回时,Deltcheva晚上8点给她打电话说,实验成功了。Charpentier当时非常高兴,但她没有告诉任何人。据Vogel回忆,8月的一个晚上他接到Charpentier的电话。电话里,他们讨论了什么时候能了解整个研究情况,什么时候能发表这篇论文。

Jennifer Doudna(左)和Emmanuelle Charpentier在2014年11月份获得了生命科学突破奖。
  他们都知道,这是个轰动性的发现,但他们担心发表有问题。为了确保论文不被编辑们质疑,他们沉默地努力了一年多,得到了尽可能多的数据,最后再向《自然》(Nature)杂志投稿。
  当时CRISPR圈子很小,Charpentier还是无名小将。但随着CRISPR-Cas9论文的发表,她几乎是一夜成名。2010年10月,她第一次参加了荷兰瓦赫宁根的CRISPR会议,那时候她的成果刚发表。该会议的组织者,瓦格宁根大学(Wageningen University)的微生物学家John Van Der Oost指出,Charpentier的成果是会议的最大亮点。Charpentier本人并不在乎名声等身外之物,她说自己不介意做个局外人,“我从来没有真正加入学界小圈子”。她一直关注的是下一步工作,研究CRISPR-Cas9系统如何切割DNA。
  在2011年的美国微生物学会(American Society for Microbiology)会议上,Charpentier遇到了加利福尼亚大学(University of California)伯克利分校的结构生物学家Jennifer Doudna。Doudna很快被Charpentier的发现迷住了。她喜欢Charpentier的科研激情和干练。她们开始了合作,并且很快就发现了CRISPR-Cas9切割DNA的机制。随着机制的阐明,研究者们发现这一系统可用于精准的基因编辑,这一技术也很快得到普及。
  同时,Charpentier很快做出两项重要决定。她最初的梦想是推动医学发展。为此,她联系了当时就职于制药巨头赛诺菲的Novak,打算共同创立研究人类基因治疗方法学的公司。2013年11月,Charpentier、Novak和Shaun Foy共同成立了CRISPR Therapeutics公司。
  Charpentier是该公司科学咨询委员会首席。
  第二个决定是把全部精力投入到基因调控的基础科研中。为此她需要一个永久性职位,有更多的机构支持。
  2013年,她搬到了德国,成为汉诺威医学院(Hanover Medical School)的教授,并兼任附近亥姆霍兹传染病研究中心(Helmholtz Centre for Infection Research)部门主任。在这里,她终于雇佣了自己的技术员,建立了一个有16个博士生和博后的实验室。两年后,她被招到柏林的马普所。如今,她有充足的技术支持和资金支持,她的实验室在优雅的19世纪的教学医院校区里。她非常喜欢这个环境。她认为,也许在几年里,她会偶尔读读哲学书籍。
  但现在,名誉和获奖让她无暇分身。她认为每个奖项都是对她工作的认可,也积极参与奖项需要的宣传活动。但每个奖项的宣传活动平均都要耗上两天。她拒绝讨论她、Doudna与博德研究所张锋的CRISPR专利之争。她把专利争论交给了律师。
  虽然她在研究上已硕果累累,但Charpentier仍执迷于科学。她的最新成果——一个比CRISPR-Cas9更简单的系统也随着她流浪的科研生涯而完成。这项研究表明,一种名为Cpf1的蛋白能独立完成tracrRNA和 Cas9二者的工作。这意味着基于Cpr1的CRISPR系统会更加简单,更易于使用。Van der Oost认为这是非常重要的贡献。但Charpentier并不热衷于绕着CRISPR转,这只是她实验室的五个研究主题之一。其他主题包括:病原体与宿主的免疫细胞相互作用的机制,调节细菌染色体行为的分子机制等。
  回想起来,Charpentier深感一路走来着实辛苦。她指出,现在有很多主流基金,帮助年轻的研究人员开始自己的独立实验室。尽管她推进医学、改善基因编辑工具的目标已经完成,但她的野心却未消减。“我一直没有变,我也不会变。我的科学家梦想让我站到了这里,我也会一直怀着这个梦想。”
  但有些事情改变了。Charpentier再也不是局外人了:她是迅速扩大的CRISPR领域的权威人物,无数机构请她去做演讲。她希望每次演讲都能带去新的、同样重要的发现。她表示自己已经准备好了。
(转化医学网360zhyx.com)

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