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Illumina:85%的台式测序数据来自MiSeq

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导读
AGBT 2013,目前规模最大的测序技术会议,于2013年2月20日-23日在美国佛罗里达州马可岛举行。与以往三届不同,今年的AGBT似乎有些平淡。2010年,PacBio和Ion Torrent发布了他们的测序技术;2011年,台式测序仪MiSeq和PGM独领风骚;去年,Oxford Nanopore揭开了MinION和GridION的面纱。 ...


AGBT 2013,目前规模最大的测序技术会议,于2013年2月20日-23日在美国佛罗里达州马可岛举行。与以往三届不同,今年的AGBT似乎有些平淡。2010年,PacBio和Ion Torrent发布了他们的测序技术;2011年,台式测序仪MiSeq和PGM独领风骚;去年,Oxford Nanopore揭开了MinION和GridION的面纱。

今年呢?Oxford Nanopore缺席,各大测序公司也没有新平台发布。纵观2013 AGBT的日程,基本都是关于“临床”、“癌症”、“基因组”、“测序”、“分析”。无疑,测序技术的应用是这届会议的亮点。不过,各大公司也有一些新技术与大家分享。

Illumina在不久前收购了长读取测序公司Moleculo,测序读长有望达到10 kb。在这次会议上,Illumina介绍,Moleculo长读取技术将首先作为服务来提供,预计在今年第二季度推出,之后再作为产品推出。

关于Moleculo技术,我们还知之甚少。对此,Illumina的网站有一些介绍。Moleculo技术将新的样品制备方法与信息学相结合,利用Illumina的HiSeq仪器产生长的读取。第一步是将基因组DNA打断成大小为10 kb的大片段。之后对这些片段进行扩增、剪切并添加条形码。随后在Illumina的测序平台上测序,再通过计算的方法将短的测序读取组装成基因组片段。最终获得的结果就是所有片段的完整序列。

Illumina表示,Moleculo技术的样品制备大约需要2天,不包括测序。利用这种技术,它能在4天内对HiSeq 2500平台上测序的人类基因组进行phase。Illumina认为,Moleculo技术有望改善多个现有DNA测序应用的效率和准确性,同时提高临床上重要基因的覆盖度。

此外,Illumina还为AGBT设计了一个网页,并分享了一些有趣的信息。这个网页以“发现NGS的真相(Seek the truth in NGS)”为主题,介绍了Illumina的测序技术和应用。Illumina称,在提交给NCBI的台式测序数据中,85%都是在MiSeq上获得的。具体的数字是,在提交给NCBI的3243项研究中,有2778项研究是利用MiSeq开展的(85%),而465项是利用其他台式测序仪获得的(并未指明具体仪器)。

一些用户也分享了他们的看法。David Buck博士认为:“如果你处于诊断模式,需要很快地了解数据或答案,以追踪疾病爆发,那么我认为MiSeq是一个极好的仪器。MiSeq让我们能够更快地了解细菌的基因组序列。”

来源:生物通

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