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专家访谈
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单细胞RNA测序助力分析！浙江大学刘夏/方维佳/冯新华发现可提高肝细胞癌患者免疫检查点阻断治疗疗效的联合免疫治疗策略
3月8日，浙江大学刘夏、方维佳、冯新华共同通讯在期刊《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》上在线发表题为“S100A9+CD14+ monocytes contribute to anti-PD-1 immunotherapy resistance in advanced hepatocellular car...
“高通量、高灵敏度”！浙江大学郭国骥、梁廷波等发文：公布新型单核总RNA测序方法
近日，浙江大学郭国骥、梁廷波等研究人员在权威期刊《Advanced Science》上发表了题为“Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq”的研究论文，本研究中，研究人员开发了一种高通量、高灵敏度的方法snHH-seq，该方法将随机引物与液滴微流控平台的预索引策略相结合。这种创新的方法允许从临床冷冻样品中检测单...
国家癌症中心学者领衔：单细胞RNA测序分析为肺癌的早期诊断和治疗提供新的见解
近日，中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院高树庚和赵亮团队联合在《Clinical and Translational Medicine》上发表题为“Single-cell RNA sequencing analysis reveals transcriptional heterogeneity of multiple primary lung cancer”的研究论文，研究显示了MPLC不...
湘雅医院：新突破！RNA测序揭示乳腺癌遗传模型，促进乳腺癌疫苗开发
乳腺癌占每年新发癌症病例的12%，已成为成人恶性肿瘤中最常见的癌症。HER2靶向治疗已经显著改善了乳腺癌的治疗。MMTV-neu和MMTV-PyMT小鼠已被广泛研究作为乳腺癌研究的模型。 近日，湘雅医院团队在《Cell Discovery》上发表题为“New mouse genetic model of breast cancer from IKKα defects in den...
【Nature子刊】清华大学团队：单细胞RNA测序用于胃癌研究的突破进展
胃癌（GC）包括许多分子亚型，是全球第五大最常见的恶性肿瘤，估计2018年有783，000人因为胃癌死亡。虽然GC在早期原发阶段是可治疗的，但大多数患者在晚期或转移阶段被发现，预后相对较差。免疫疗法，特别是靶向PD-1和CTLA4的抗体，已经引起了各种癌症类型（如黑色素瘤）治疗的范式转变，但GC的反应率相对较低。最近，清华大学研究团队发布于《Nature Communications》的文章...
【Cell子刊】首次绘制小细胞肺癌分子图谱，使用单细胞RNA测序揭示了推动肿瘤转移的幕后黑手——一种不寻常的细胞类型
想象一下，你将要进行一次越野旅行，在沿途的景点停下来欣赏当地的景点。您可能希望手边有道路地图册，包含不同比例尺的地图，涵盖主要公路和较小城镇的道路，或者至少有一个GPS，可以使用这些信息访问数字地图册。 直到最近，癌症研究人员还像越野旅行者一样，只拥有几个热门城市的几张地图。由于某些癌症的生长速度很快，地图很快就过时了。这种情况阻碍了医生了解肿瘤内部的真实情况和开发...
【Cell子刊】单细胞RNA测序揭示癌细胞对化学疗法的多种反应机制
在这项新的研究中，科学家利用单细胞RNA测序技术，首次展示了单个癌细胞群中的单个细胞对化疗造成的DNA损伤的不同反应。结果发现，这些细胞之所以具有不同的“命运”，实际上是因为它们具有完全不同的激活基因集，而这些不同的“转录组学格局”决定了化疗对DNA造成损伤后细胞的命运。 该研究由美国密歇根大学罗格尔癌症中心的李俊熙（Jun Hee...
【Cell】超2万个单细胞RNA测序，揭示靶向疗法诱导癌细胞进化
据美国国家癌症研究所（National cancer Institute）统计，肺癌在美国每年影响超过22.8万人，且这种癌症具有高度的异质性，并会产生耐药性变化，因此限制了个性化治疗的效果。近日，加利福尼亚大学旧金山分校（UCSF）的一个研究小组收集了转移性肺癌患者在靶向治疗前和治疗期间的样本，并进行单细胞RNA测序分析。 研究人...
【Nature子刊】史上最大单细胞RNA测序项目！首次发现胶质母细胞瘤干细胞，有望抑制所有的癌细胞
要想更深入地了解癌症是如何开始、发展和获得对治疗的抵抗力的，部分取决于对癌症干细胞生物学的更深入探索。胶质母细胞瘤是最常见的成人原发性脑癌，对胶质母细胞瘤的干细胞生物学的研究是有限的。最近，一项研究发现了一种源自单一癌细胞类型的癌细胞结构，这种结构可以用来减缓癌细胞的生长。 这项研究是迄今为止最大的单个癌细胞RNA测序项目，包括55...
【新进展】生物信息学家利用RNA测序指导胃癌的个性化药物处方方法
免疫治疗是目前胃癌的最新治疗手段，然而，患者对治疗的反应往往是不可预测的，因此需要针对具体情况制定个性化疗法和药物处方。近日，莫斯科物理技术学院（MIPT）的研究人员首次开发了一种基于肿瘤细胞RNA测序的个性化胃癌治疗技术，给胃癌的治疗带来了新的思路。 这项研究由莫斯科物理技术学院转化基因组生物信息学实验室高级研究员Maxim So...
Cell Stem Cell发表单细胞RNA测序新成果
寨卡病毒是一种新出现的蚊媒病毒。2015年5月，巴西开始出现寨卡病毒感染疫情，这种病毒随后在美洲快速蔓延。世界卫生组织称，越来越多的证据表明寨卡病毒与小头畸形之间存有关联。针对这种疾病，目前尚无特异性治疗办法或者疫苗。最佳预防方式是采取保护措施，避免蚊子叮咬。 三月四日，Johns Hopkins大学的宋红军（Hongjun S...
浙大80后教授发表单细胞RNA测序研究
基因表达变异是小鼠胚胎干细胞（ESC）的一个重要特征，但人们还不清楚这背后的具体原因。 浙江大学和哈佛大学的研究人员对小鼠胚胎干细胞进行了单细胞mRNA-seq分析。他们发现，这些细胞表现出的异质性是血清培养造成的。这项研究发表在一月二十一日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学80后教授郭国骥、哈佛大学的S...
miRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
研究背景 雷特氏综合征（Rett syndrome）是一种严重影响儿童精神运动发育的神经发育性疾病。甲基化-CpG结合蛋白2（MeCP2）基因功能的缺失会导致该病的发生[1,2]。反之，MeCP2基因拷贝数的增多则会导致自闭症（Autism spectrum disorders）的产生[3]。因此，可以说MeCP2蛋白的剂量效应对中枢神经系统（Central ner...
lncRNA测序在非编码RNA研究中的应用案例
在过去几年中，高通量转录组测序（High-throughput transcriptome sequencing）最大的发现之一莫过于在哺乳动物基因组中发现了一些功能各不相同的RNA[1]。除去那些由于转录起始位点（Transcriptional start sites）的改变以及终止子（Ternination）和可变剪切（Splicing）的变化之外，另一些新的反向...
揭示肿瘤诊断新方法，基于血小板的RNA测序
近日，来自阿姆斯特丹自由大学的Myron G在《Cancer cell》发表的一篇文章提出，基于肿瘤血小板（Tumor-educated blood platelets，TEPs）的RNA测序可用于泛癌症分析、癌症类型的区分和肿瘤基因突变诊断。 结果表明，血小板的RNA测序可以区分癌症患者与健康人，其准确率达到96%，也能区分六种原发肿瘤类型，其准确度达到71%，并能识...
Science公布单个循环肿瘤细胞RNA测序结果
由麻省总医院，哈佛大学主持的一项最新研究发现了前列腺癌细胞对一种常见的癌症治疗方法产生抗性的原因，研究人员完成了前列腺癌单个循环肿瘤细胞的RNA测序，其中找到了非经典Wnt信号所起的关键作用。 这一研究成果公布在9月18日的Science杂志上。 Androgendeprivationtherapy，也就是雄激素剥夺疗法（ADT，也称为去势治疗）主...
DNA芯片技术和RNA测序，有啥不一样？
日本推理小说家东野圭吾的作品《白金数据》中描述了这样一个未来世界：日本政府秘密建立名为“白金数据”的数据库。该库搜集了全国人民的DNA数据，通过对犯罪分子留在现场的毛发、体液等证物进行比对，警方可以高效、快速、准确锁定真凶。借助“白金数据”的帮助，一个检举率100%、冤案率0%的理想法制社会构建完成。技术的发展可以改变人类的生活，小说的情节虽然是虚构的，但随着技术的不断发展和进...
Nature：如何利用单细胞mRNA测序发现罕见细胞类型？
近日，来自荷兰的科学家在著名国际学术期刊nature上发表了一项最新研究进展，他们利用一种新的计算方法结合转录组测序发现了小肠中一些罕见的细胞类型，这对于深入了解器官的细胞组成，探究健康和疾病状态下的组织生物学具有重要意义。 理解一个器官的发育和功能需要对组成该器官的所有细胞类型的特性有一个清晰的认识。传统发现和分离细胞亚群的方法是基于几个已知的标记...
Nature Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内含量最丰富的小RNA之一，细胞里到处都是tRN...
潘滔教授Nature Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和分子生物学教授潘滔（Tao Pa...