Fluidigm Biomark™ HD SNP分型解决方案

Fluidigm高通量基因分析系统（Bio-Mark™），是集成了流体通路（Integrated Fluidic Circuit，IFC）技术、实时定量PCR技术及强大的基因分析软件的技术平台。IFC 将微流控通道、阀门和反应仓集成在一张芯片上，通过一个控制系统自动完成多达9216个PCR反应。大大降低了手工加样的步骤并减小了误差。IFC系统比传统的384孔板系统能少用99.5%的master mix 试剂却多产生出24倍的数据。

Fluidigm技术特点

Biomark™ HD系统

Biomark™HD系统配套的检测芯片有如下几种格式，满足不同SNP位点和样本数的研究需求，分别为12*12（12样本*12位点），48*48（48样本*48位点），96*96（96样本*96位点），192*24（192样本*24位点），不同格式检测芯片如图。

不同格式检测芯片图示

48×48芯片

Fluidigm的SNP检测技术与Taqman类似，都是基于荧光读取判断，每孔采用双色荧光检测单个样本中一个位点可能的两种基因型，不同的SNP模板对应不同的荧光产物。

(1) 准确度：基因分型的准确率>99%。

(2) 特异性：Taqman探针，一般选用8-12bp长度在SNP位点两端设计，可能导致多个同源序列扩增，引起背景增高，杂交信号降低，Fluidigm采用其特有KASP的通用荧光引物设计，为24-26bp，特异性更高，SNP call rate 会更高，达到99.9%。

(3) 成本低：纳升级的反应体系十分节省试剂；对于每一个特定位点单独合成的探针，KASP的非荧光标记的引物，保质期长，而Taqman的针对特定位点的探针是荧光标记的，保质期短，成本高，用不掉会浪费。而KASP荧光标记的Master mix为通用型消耗品，可根据实验用量酌情采购，不会浪费。

(4) 通量高：一次芯片最多可进行9216个反应。

(5) 灵活性：可选择已有芯片或定制新芯片。任何种属的相应序列，都可经过预扩增验证后设计探针，并有效提高低质量、低浓度或珍贵样本的分析结果。

实验流程

从上样到拿到数据只需要3-4小时左右。

样品要求

样品浓度：DNA 60ng/µl（25-100ng/µl）。

DNA总量：50-150ng，Fluidigm的DNA用量。

基因组要求：以人类基因组大小（3000Mb）为准，小于或接近于人类基因组均可，如果基因组超过人类基因组，或者总量较低时，需要STA （Specific Target Amplification，特定目标区域扩增）。

结果展示

分型结果荧光图

各个样本所测SNP的分型结果

置信度＞65%，则call rate可信