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腾讯登录SeqCap Epi甲基化捕获探针组表观遗传学研究方法的革新
| 导读 | DNA甲基化已被证明能在多种生物过程中起到重要作用，包括基因表达、剂量补偿、基因组稳态等等。近年来，其在癌症和许多其他疾病相关领域中也日益受到关注。 |
DNA甲基化已被证明能在多种生物过程中起到重要作用，包括基因表达、剂量补偿、基因组稳态等等。近年来，其在癌症和许多其他疾病相关领域中也日益受到关注。而目前的研究工具，在进行全基因组或目标区域甲基化研究时，或是价格昂贵而效率有限，或是存在实验偏好且不提供定制方案。
NimbleGen SeqCap Epi基因组甲基化序列富集产品可以实现在单碱基分辨率下进行基因组水平的甲基化分析。利用SeqCap Epi产品，先富集甲基化相关片段后测序，可以大大减少测序量。除目录化SeqCap Epi CpGiant产品富集人类全基因组范围CpG位点外，还提供定制型产品，用于任意物种、不同实验目的与样本规模的目标区域甲基化测序，满足各类甲基化研究需求。
1、SeqCap Epi 探针与甲基化芯片结果高度一致，超过12倍的CpG位点覆盖则能提供更多序列信息
上图显示了7个样品分别进行SeqCap Epi CpGiant捕获测序和甲基化芯片检测结果中共有位点的相关性，蓝色横线为相关系数平均值。可见序列捕获的方法与传统的芯片技术相比一致性高，而覆盖更多位点的SeqCap Epi CpGiant探针库则可以带 来更多位点的序列信息。
2、与全基因组甲基化测序相比降低测序成本，混合捕获进一步降低前期样品处理成本
SeqCap Epi系列探针组支持混合捕获方案，即1-4个样品共用一个反应探针库。由于NimbleGen优秀的高密度探针设计，混合捕获后测序的方案可保证每个独立的样品都能获得稳定的捕获效率和足够的测序数据覆盖，更可以降低序列捕获实验成本。
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甲基化产品探针设计 |
订购信息 |
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SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit 覆盖启动子区、基因间区等550万个CpG位点，总捕获区域约80.5Mb |
07138881001 4反应包装 07138911001 48反应包装 07138920001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Choice S Enrichment Kit 人类甲基化目标区域探针定制0-30Mb区域 |
07138938001 12反应包装 07138946001 48反应包装 0 7138954001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Choice M Enrichment Kit 人类甲基化目标区域探针定制30-60Mb区域 |
07138962001 12反应包装 07138989001 48反应包装 07138997001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Choice L Enrichment Kit 人类甲基化目标区域探针定制60-90Mb区域 |
07139004001 12反应包装 07139012001 48反应包装 07139039001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Developer S Enrichment Kit 非人类甲基化目标区域探针定制0-30Mb区域 |
07139071001 12反应包装 07139080001 48反应包装 07139098001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Developer M Enrichment Kit 非人类甲基化目标区域探针定制30-60Mb区域 |
07139101001 12反应包装 07139128001 48反应包装 07139578001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Developer L Enrichment Kit 非人类甲基化目标区域探针定制60-90Mb区域 |
07139586001 12反应包装 07139594001 48反应包装 07139608001 384反应包装 |
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SeqCap Epi Developer XL Enrichment Kit 非人类甲基化目标区域探针定制90-210Mb区域 |
07139624001 12反应包装 07139659001 48反应包装 07139667001 384反应包装 |
SeqCap Epi 1-4样品混合捕获测序数据
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混合方案 |
所有reads回贴比例(%) |
目标区域上有测序数据覆盖的比例 (%) |
有测序数据覆盖 CpG sites平均测序深度 |
有测序数据覆盖的CpG位点(%) |
测序覆盖度>=5的CpG位点(%) |
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1-plex |
60.0 |
66.8 |
84.5 |
99.1 |
93.92 |
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2-plex |
61.0 |
70.0 |
53.3 |
99.0 |
90.41 |
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4-plex |
62.8 |
79.3 |
45.5 |
99.0 |
86.27 |
如上表格为一款SeqCap Epi定制产品(目标区域为250万个CpG位点，捕获区域大小为87.3Mb) 在1、2、4样品混合捕获条件下测序结果比较。
（转化医学网360zhyx.com）
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